第三国移民的大规模迁入，对欧盟各成员国的国家主权、民族认同、社会安全、宗教文化、社会福利以及社会就业等方面构成了严重的挑战。其所造成的困扰主要表现在以下方面：

1.经济方面。全球化以来，欧盟地区经济持续低迷，失业率上升，福利相对下降，原住民认为是移民抢走了他们的工作，降低了他们应当享用的高福利水平；同时，大量移民进入迁入国生活，导致房租上升，政府公共开支增加，并在国内需求方面形成连锁反应，造成通货膨胀。

2.政治方面。外来移民的增多，首先导致种族主义和排外浪潮兴起，在德国，新纳粹抬头，在法国和奥地利，“极右翼”的政党在国家议会及政府选举中，开始获得决定性的胜利；其次，加剧了欧盟各国，特别是西欧各国控制边境与边境安全管理的难度；最后，也使欧盟各成员国因为移民问题不断争吵，损害了国际关系。(www.daowen.com)

3.文化方面。因为移民的出生率普遍高于欧盟各成员国的原住民出生率，正在迅速改变着当地国的人口比例与结构；加上迁入欧盟的大部分移民比较贫困，缺乏教育，移民群体与走私、贩毒、偷渡等犯罪组织存在复杂的联系，往往成为社会的不安定因素；再加上新移民一般具有更加强烈的习俗一致性，致使民族认同感一直保守的欧盟更加戒备移民群体对其原有文化结构与特征的损害。近些年在欧盟公民是否具有“种族歧视心理”的相关调查中，承认存在某种程度的种族歧视心理的比例一直维持在高位。

4.宗教方面。欧盟各成员国采取欢迎移民的态度，本来以为凭借先进的文化能够吸收融合来自各地的移民。但是，长期的发展结果却恰恰相反。欧洲已经越来越呈现伊斯兰化的趋势。平等、理性、民主、法治、人权与科学等理念没有被穆斯林全体的大多数所接受，反而随着穆斯林人口的不断增多，伊斯兰一些落后的意识理念反而有泛滥的趋势。借着世界主要产油国家巨额财富的支持，伊斯兰的清真寺遍布欧盟各主要城市，万人同时做礼拜的情形已经很常见，而与此同时，已经存在千年的基督教与天主教，在主日时却人迹寥寥。更为严重的是，伊斯兰分为很多教派分支，各国都普遍疏于管理，其中的极端派别与恐怖主义组织存在千丝万缕的联系。