系统调试可分为程序调试、联合调试、系统调试3个阶段。

1）程序调试，主要是检查程序的正确性、运行时间和存储空间的可行性、用户界面是否友好等功能。这些检查工作可通过一定的测试方法来实现，任何产品的测试方法总体上可分为两种：如果已经知道了产品应该具有的功能，可以通过测试来检验是否每个功能都能正常使用；如果知道产品内部工作过程，可以通过测试来检验产品内部动作是否按照规格说明书的规定正常进行。前一个方法称为黑箱测试，后一个方法称为白箱测试。

对于软件测试而言，黑箱测试把程序看成是一个黑盒子，完全不考虑它的内部结构和处理过程，给它适当的入口参数，看其出口参数是否正确或是否实现了相应的功能。黑箱测试也称为功能测试，只要测试方案（入口参数等）给得正确，测试较易实现。与黑箱测试法相反，白箱测试完全了解程序的结构和处理过程。这种方法按照程序的内部逻辑结构测试程序，检验程序中的每条通路是否都能按预订的要求正确工作。这种测试方法效率高，但要求测试人员必须清楚程序内部的逻辑结构。在程序调试阶段可采用上述两种方法分别对功能模块以及经过测试的模块放在一起形成的各个子系统进行测试。(www.daowen.com)

2）联合调试是反映把各个经过调试的子系统经过一定的方式、方法集成为一个系统后所进行的调试。这一步主要是调试接口，看各子系统之间的接口是否匹配，通信规则是否合理，各子系统之间有没有干扰。在这个过程中不仅应该发现设计和编码的错误，还应该验证系统确实能提供需求说明书中指定的功能，而且系统的动态特性也符合预订要求。

3）系统调试是指把所设计的管理信息系统从实验室投入到具体的应用环境中去，所做的现场测试。由今后具体使用此系统的各类人员对系统进行操作，使用部分实际数据对系统进行验收测试。其目的是验证系统确实能够满足用户的需要。在这个测试步骤中发现的问题，往往是系统需求说明书中存在的错误。