清末变法时期，传统法律及司法开始向近代化转型。但是，此时的法律制度虽然对部分落后内容进行了修订，其实质却是为传统帝制统治进行维护。因此，司法的近代化转型进程与法律制度的滞后性之间抵牾不断。

首先，“新”案与“旧”法冲突。以一则判词为例：

缘高奎仁与耿富素识无嫌，彼此均受雇给石厂佣工。宣统二年十二月十一日，高奎仁在山上装药炸取山石，因恐炸药伤人，预告本厂二人及过路人躲避，自亦隐立山背等候，移时药力轰发，石块飞落，适耿喜路经山下，致被飞石砸伤偏左接连囟门左并左额角，滚落沟内，移时殒命。报由辽阳地方检察厅验明尸伤起诉，移送审判厅讯明。将高奎仁依过失杀人律拟徒收赎，于宣统三年三月初六日判决。该地方检察厅以引拟末当，呈请转送复判到厅。查过失杀人之律，必系杀人之事实非意料所及，方能摄引。此案高奎仁因在山用药炸石，致砸伤耿喜身死，该犯既知药炸石裂，堪以杀人，仅以空言预告躲避，并未明立标识，使人望而远防，以致杀人，诚不能谓出意料之外，核与过失杀人之律注不相符合，末便曲为援引。高奎仁应改比照捕户于深山旷野安置窝弓，不立望竿，伤人致死者徒三年律，拟徒三年。仍追埋葬银一十两，给付尸亲具领，以资营葬。余如原判完结。此判。^[13]

古代开采石料以人力采取为主要方式，及至清末，由于近代化的生产方式逐渐普及，一些地区开始用炸药爆破开采。^[14]此案可以说是清末时期的一个新型案件，而此时施行的《大清现行刑律》对过失杀人的规定无法在适用中达到情罪相符，最终只能比照“捕户于深山旷野安置窝弓，不立望竿，伤人致死者徒三年律”进行审判。再如“跌落手枪误伤他人”案，判词云：“遍查律例，并无作何治罪明文，自应比例问拟。”^[15]这体现出法律的滞后性。而滞后的法律在面对近代化的生产、生活变化时，只能采用比附来进行司法，与大陆法系的罪刑法定主义严重相悖，阻碍了法律近代化进程。

其次，虽然此时的法律制度进行了变革，建立了新的司法体制，但是徒有形式上的意义，而缺乏实质上的落实。而最终导致司法文明变革受到影响，使近代司法发展极为缓慢、曲折。这主要表现在两个方面：(www.daowen.com)

第一，相关法律规定并未及时完善，导致司法实践中一些案件无法可依，只能代之以行政处断。虽“更定官制”使机构层面司法与行政分立，但因配套法律制度的缺位导致作为司法文明重要价值的司法独立沦为空谈。以一案之判词为例：

此案龚余氏因李检察官勒追财礼银两，屡限未缴，提保押追，辄借以传至张宅，捏砌有意说娶伊女为多答词上诉，实属诬轻为重。惟法官惩戒章程尚未颁布，该氏如所控得实，李检察官自应比照州县官娶为事人女为妻妾，处十等罚，未成婚，量减一等，拟处九等罚。今审明系属虚诬，自应按律问拟。龚余氏合依诬轻为重未论决，十等罚以下减一等律，于李检察官被诬应得九等罚罪上减一等，拟处八等罚。据供无力完缴，照例收所罚工四十日，限满释放。原得丁注财礼银两，仍照追入官。初级检察官李质追缴龚余氏财礼银两，本系应办之事，虽讯无说娶其女窦二妹为妾情事，惟不应将诉讼人传至私宅，应照不应为轻律，拟处四等罚。但现在法官惩戒章程尚未颁布，应由地方检察厅呈请（高等检察厅咨）司核办。巡警金元杰承检察官命令办，应与讯无不合之张正本均免置议。此判。^[16]

第二，在赦免、减刑制度方面，行政仍通过恩赦、恩诏等法外宽免手段干预司法。如逢恩赦则死罪以下俱免，逢恩旨则死罪以下递减，恩旨分为准减和不准减两种类型。^[17]例如“教唆词讼诬告人致死苏州凤池庵冤狱”案的判词：“妙莲供认前曾与已死之僧犯奸，事在恩赦以前，应准援免外，惟年未四十收徒，系属违令，合依违令律处五等罚，勒令还俗，发堂择配。”^[18]再如“盗劫听从在外接递财物”案判词：“张旦儿合依盗劫之案听闻在外接递财物并未入室搜赃亦无执待火器金刃发遣新疆当差例，拟发遣新疆当差，事犯虽在光绪三十年正月十五，暨三十四年十一月初九等日，迭次恭逢恩诏以前，系强盗拟谴，在部议条款不准援免之列，应不准援免，到配后收入习艺所充当折磨苦工，限满仍令种地当差。”^[19]以及“伪造假银”案判词：“王全子即王洛怀……照伪造银律，分别首从拟徒例，伪造银者，徒三年。为从减一等律，拟徒二年半。恭逢光绪三十四年十一月初九日恩诏，核其情罪不在部议条赎不准援免之列，应准援免。”^[20]

清末变法中清政府实施了一系列措施来变革法制，包括：创设大理院和改革审判独立制度，使传统官审制度转向独立审判制度；设置专门的控诉机关和控诉官员，使控审不分转向控审分离；区别刑事诉讼和民事诉讼，使程序与实体法不分、民刑不分转向程序法的建立、民刑有别。^[21]这些措施虽然具有一定的进步意义，但是司法实践中的矛盾情况反映出这一时期法律制度发展的不平衡，因其滞后于社会关系的发展和司法机构的变革，使得司法在转型中困难重重。