在我国双轨制的医疗损害责任鉴定中，医学会负责组织医疗事故责任鉴定，司法鉴定机构负责组织医疗过错责任鉴定，两种不同的医疗损害责任鉴定各不相同，一个是官方指定的鉴定机构，作出的是代表官方意志的医学鉴定结论，一个是非经官方指定的鉴定，是具有司法鉴定资质的鉴定机构作出的司法鉴定。医疗事故鉴定被排除在司法鉴定之外，法律无法进行约束，使其成为医学界的“专利”，在事实上排除了司法的审查和约束。这样的制度，既不符合司法活动的规律，也不符合民事诉讼制度的本质要求。

当医患双方就同一纠纷分别提出不同的鉴定申请时，法院面临的情形有下面几种：第一，只做医疗事故鉴定；第二，只做医疗过错鉴定；第三，两种鉴定同时进行；第四，先做医疗事故鉴定，如果不是医疗事故再做医疗过错鉴定。而无论法院作出哪一种决定，都可能会让未被法院认同的鉴定申请一方对将来的鉴定结论产生心理上的不信任或者不服从。

医疗事故鉴定和司法鉴定的出发点不同，对于同一病例各自的鉴定结论有时会有一定的差异，因为医疗事故技术鉴定人员是具有丰富临床经验的医生，在鉴定过程中较多考虑到被告诊疗过程中的主观心理和当时客观情况的限制，对医务人员的医疗行为持相对宽容的态度；而医学会维护医生权益的性质，也造成了医疗事故技术鉴定结论所确定的医方责任相对较轻。司法鉴定根据损害后果对医疗行为责任进行认定，较少考虑医疗行为本身的风险性和不可预知性，是典型的由果及因，确定的医方责任往往较重。(www.daowen.com)

而且，法律并未规定当医患双方就同一纠纷提出不同的鉴定方式时该如何处理，而出于不同的诉讼请求，医方和患方往往会选择不同的鉴定方式，在司法实践中对医疗纠纷案件先进行医疗事故技术鉴定再进行医疗过错的司法鉴定的案例也屡见不鲜。因为根据《医疗事故处理条例》和《司法鉴定程序通则》规定，当事人如果对医疗事故技术鉴定结论和司法鉴定结论不服，均可以申请再次进行鉴定。医疗事故技术鉴定与医疗过错司法鉴定并行，无疑使得鉴定过程更加曲折，法院对鉴定结论的采信更加困难。

另外，实践中存在着一些事实清楚、情节简单、争议不大、不涉及复杂事项认定的医疗损害，如医生没有履行及时、如实告知的义务，侵害了患者的知情同意权，导致患者身体受到伤害的纠纷，就无需专家做出鉴定，平常人也能得出正确结论。如果这类损害赔偿纠纷也交给医疗事故技术鉴定部门进行鉴定，不仅没有实际意义，反而增加了医患双方的经济负担，也有违于处理医疗损害赔偿纠纷的及时、便民原则。这种情况下，可以不经过鉴定而由人民法院直接对是否构成医疗事故做出判定。