如前所述，环境税征收管理业务的主导部门是税务部门。我国税务部门以垂直管理体制为主，具体来说，在相当长时期内，我国对省（自治区、直辖市）以下地方税务局实行上级税务机关和同级人民政府双重领导、以上级税务机关垂直领导为主的管理体制，即地、市以及县（市）地方税务局的机构设置、干部管理、人员编制和经费开支由所在省（自治区、直辖市）地方税务机构垂直管理。^[45]2018年机构改革过程中，税务管理体制发生了重大变化。2018年7月20日，中共中央办公厅、国务院办公厅印发《国税地税征管体制改革方案》。该方案要求改革国税地税征管体制，合并省级和省级以下国税地税机构，划转社会保险费和非税收入征管职责，构建优化高效统一的税收征管体系。方案对税务部门领导管理体制作了规定，明确国税地税机构合并后实行以税务总局为主、与省区市党委和政府双重领导的管理体制，理顺统一税制和分级财政的关系，充分调动中央和地方两个积极性。

与税务部门显著不同的是，我国环境保护行政体制实行的是统一管理与分级、分部门管理相结合的管理体制。在当前环保管理体制下，地方生态环境主管部门隶属于同级地方人民政府，在业务上接受上级生态环境主管部门的指导，而在人、财、物等方面则由地方人民政府予以保障和管理，有关地方环境保护政策须经地方人民政府批准。例如，《环境保护法》第13条第3款规定，县级以上地方人民政府环境保护主管部门会同有关部门，根据国家环境保护规划的要求，编制本行政区域的环境保护规划，报同级人民政府批准并公布实施。各项具体环境保护制度的实施状况也和地方人民政府的支持密不可分，生态环境主管部门在行政过程中考虑同级人民政府的意图也属理所当然。因此，生态环境主管部门的工作在很大程度上不可避免地受到同级地方人民政府的影响和制约，弱化甚至丧失了环境保护监督执法应该具备的相对独立性。

鉴于环境保护与地方经济社会发展存在复杂的关联性，生态环境主管部门还往往要考虑环境保护措施对地方经济发展的影响。以往，有的地方人民政府对相关部门分解营商环境任务，而相关部门甚至不得不为了招商引资，将“减免排污费”作为优惠的“绣球”抛出，极大地背离了原来排污费制度的政策初衷。^[46]一些地方人民政府领导只注重GDP的增长，急功近利，以牺牲环境换取一时一地的经济发展，重蹈先污染后治理的覆辙；一些地方划定“无费区”、实行“减半征收”或“减免征收”等土政策，生态环境主管部门顾忌当地政府的压力，过多考虑企业的承受力，觉得排污收费工作不够轰轰烈烈、不好出政绩，还容易得罪人，也不愿下力气真抓实干。^[47]

排污费改税后，税务部门因其垂直管理体制可以在一定程度上矫正原来环保部门独立性欠缺的弊端。而且，垂直管理体制有助于解决机构职能重叠、力量分散、监督力度不大、效率不高等问题，有利于实现执法管理统一化、执法单位专门化和执法人员专业化，有助于减少地方行政干预，打破地方保护主义和部门保护主义，降低税收征管的阻力，保障和促进执法的公平、公正和统一。由此可见，税务部门垂直管理体制具有明显的优势，甚至也是当时排污费改环境税的合理性和可行性的论据之一。

不过，垂直管理体制下的环境税征收，就不能再像排污费那样可以顺畅自如地与地方人民政府的经济政策“无缝对接”了，尤其是省级以下地方更是如此。至少，在排污费征收过程中，企业往往可以与原环保部门讨价还价，而环境税则不同，其刚性大大压缩了这种“潜规则”的空间。正如斯蒂芬·布雷耶所说的，“税收使规制者与相关企业减少了直接接触”，从而避免了大量的规制俘获的问题。^[48]税务部门无法“漫天要价”，企业也不能“坐地还钱”。(www.daowen.com)

进而言之，生态环境主管部门更容易受到来自同级地方人民政府的影响，因此，在地方人民政府，尤其是基层人民政府有强烈的GDP崇拜和招商引资冲动的情况下，生态环境主管部门和税务部门就很可能产生一定的矛盾。在“排污费时代”，这种经济发展与环境保护的矛盾在生态环境主管部门内部得到了消化。而在“环境税时代”，这种矛盾就可能会凸显出来并直接影响到环境税征管。在环境税立法之前，有很多学者专家提出过各种立法方案，在大多数的环境税立法方案中，关于纳税人所排放的污染物的种类、数量等基础数据，一般是由生态环境主管部门提供的，如果生态环境主管部门和税务部门不能有效配合，那么，环境税征管的相关基础工作很可能受到影响。如果采取由生态环境主管部门代为征收环境税的方案，则在当时管理体制下，生态环境主管部门仍然可能“吃”环境税或按地方人民政府的要求为吸引投资而“减免征收”，那么，其后果只能是更加有碍于环境税立法目的的实现。或许正是基于这样的考虑，最后《环境保护税法》采取了税务部门主导征收管理的模式。

虽然环境税法并未采取由生态环境主管部门代征的方式，而是采取税务征收、环保协同的方式，但是在整个征管程序中，生态环境主管部门的作用是极为突出的。例如，《环境保护税法》第20条第1款规定，税务机关应当将纳税人的纳税申报数据资料与生态环境主管部门交送的相关数据资料进行比对。《中华人民共和国环境保护税法实施条例》第21条明确规定，纳税人申报的污染物排放数据与环境保护主管部门交送的相关数据不一致的，按照环境保护主管部门交送的数据确定应税污染物的计税依据。这些规定都肯定了生态环境主管部门所交送的数据信息的价值，可见生态环境主管部门在环境税征管中扮演着重要角色。作为同一个硬币的另一面，这也反映了税务部门在环境税征收管理中稍显被动的角色。但是，这并不能否认现行环境税法中的征管模式，综合各方面情况看，环境税法中的征管模式是约束条件下的最优方案。事实上，后面的分析也表明，完全由税务部门独立实施环境税征管是很不现实的。

对此，为尽量减少对生态环境主管部门的专业依赖、提高税务部门的环境税征管业务水平，强化对税务工作人员技能培训也极为必要。针对生态环境主管部门易受地方左右的问题，改革环境保护行政体制成为可行的路径。许多人对目前地方生态环境主管部门的尴尬处境深有感触，也多有意见。2007年，时任国家环保总局副局长的潘岳在接受媒体采访时说，目前，地方环保局的地位最为尴尬，他们中有很多人坚持原则，但往往是“挺得住的站不住”，更为滑稽的是，很多地方局长要通报当地的污染，居然只能给国家环保总局写匿名信。^[49]事实上，尽管不可避免地存在一些争议，^[50]但是，这些年来许多学者和官员都一直主张生态环境主管部门实行垂直管理，借此破除地方人民政府对环境执法的干扰，保障生态环境主管部门行政行为的相对独立性。同时，也须加快发展方式转变，矫正地方人民政府错误的发展理念，从根源上解决生态环境主管部门和税务部门职能上的矛盾。当然，这种转变不容易迅速实现，有赖于更高层次、更大范围改革的推进。

此时，决策层关于生态环境主管部门的体制改革也应时而生。2018年12月4日，中共中央办公厅、国务院办公厅印发《关于深化生态环境保护综合行政执法改革的指导意见》的通知。该指导意见提出：“与相关领域机构改革同步实施，与‘放管服’改革、省以下生态环境机构监测监察执法垂直管理制度改革等有机衔接，落实生态环境保护‘一岗双责’，统筹安排，协调推进，提升改革整体效能。”“全面贯彻先立后破、不立不破原则，把握生态环境保护综合行政执法改革与地方机构改革、省以下生态环境机构监测监察执法垂直管理制度改革以及其他机构改革的内在联系，做到协调一致、统筹推进，于2019年3月底前基本完成生态环境保护综合执法队伍整合组建工作。”就此而言，生态环境主管部门部分职能垂直管理改革对环境税征管也具有积极意义，对环境税制度与环保制度之间的协调也将产生深远影响。