和以前的排污费制度不同，《环境保护税法》并未规定环境税的收入归属和使用。尽管有许多关于环境税专款专用的建议，^[54]但基于多方面考虑，最终立法并未采纳。这一过程稍有波折，也颇耐人寻味。其实，在此之前的《环境保护税法（征求意见稿）》第28条中规定：“对依照本法规定征收环境保护税的，不再征收排污费。原由排污费安排的支出纳入财政预算安排。”在法律审议过程中，一些常委会组成人员建议明确，环境保护税收入应当专项用于环境保护支出……法律委员会经研究认为，按照预算法的规定，环境保护税收入与其他税收收入一并纳入一般公共预算管理，并统筹安排使用，不宜在本法中强调专款专用。^[55]可以推测，最初立法是打算将环境税收入纳入预算进行统筹安排，而非专门用于环境保护方向，后来，立法者虽然仍然认为“不宜在本法中强调专款专用”，但删去了“原由排污费安排的支出纳入财政预算安排”。这究竟是为将来环境税收入的专款专用预留空间，还是立法者的无意之举，尚不可知。

不过，如果一边用环境税筹集财政收入，一边不对生态环境方面的财政资金使用严加监管，相当于一个龙头进水，一个龙头漏水，会抵消环境税的复合功能。因此，生态环境保护方面的财政支出必须有规则、有监管、有实效，相关资金利用计划和落实情况都有待于严格的审计，而完善审计制度则显得非常必要。如果考虑到，环境税收入可能作为生态环境保护专项资金来使用，那么，审计制度的协同就更有必要了。由于审计制度的完善是比较宏大的问题，无法在此一一展开，下面仅从两个方面稍作分析。

第一，制定领导干部自然资源资产审计规则。例如，在编制自然资源资产负债表和合理考虑客观自然因素基础上，积极探索领导干部自然资源资产离任审计的目标、内容、方法和评价指标体系。^[56]就环境税方面而言，是否可以结合相关领导干部在环境税法实施、环境税地方性法规制定、地方税收优惠政策制定中的行为与自然资源资产审计加以综合考量，暂无经验可鉴，尚待各方讨论。(www.daowen.com)

第二，完善合作审计制度。因为生态环境保护具有跨行政区域的特点，故应建立合作审计制度，组织相关审计机关，或协调相关主管部门，对水、大气污染防治和生态建设等共同关注的区（流）域性生态环境事项，通过平行或联合审计的方式开展审计和审计调查，并建立协商机制，加强审计情况的协调、沟通与交流。应该明确，审计报告应分别提交给当地人民政府，审计结果及整改措施和效果互相通报。^[57]在这方面，各方需要讨论的是，是否可以就各地环境税收入情况进行有针对性的审计，并将各地环境税适用税额标准作为参考因素，综合审查相关地方人民政府是否履行生态环境保护职责。