国际合作原则，是指各国主管部门在防治外来物种入侵的过程中开展交流、提供援助和履行职责的时候相互协作等一系列合作，以实现阻止外来物种入侵，降低外来物种的风险性，从而保护人体健康和生态环境的目的。

外来物种入侵是属于跨国界的事件，如何阻断物种转移成为外来入侵物种应该是物种原来所在地的国家和物种转移后目的地所在的国家共同关心和解决的问题。然而各国在政治、经济、科技、文化和历史等方面的差异导致各国之间存在很多利益冲突，这些利益冲突妨碍各国在防治外来物种入侵和保护生态环境方面的协调行动，所以只有加强国际合作才能克服这些利益上的冲突，共同致力于保护生态环境和生物多样性。同样，一国内不同行政区域也存在经济、科技、文化等差异所导致的利益冲突问题，也需要加强地区间的合作才能调和利益冲突，实现国家整体环境利益的最大化。(www.daowen.com)

国际合作原则早在《联合国宪章》中就已经被确定为国际法的基本原则，得到了世界上多数国家的认可。之后许多国际法律文件也确立了这一原则，其中环境保护领域体现该思想原则的国际法律文件尤其多。1992年《公约》第5条就生物多样性的国际合作也作出了规定：“各缔约国应尽可能并酌情通过有关国际组织为保护和持久使用生物多样性在国家管辖范围以外地区并就共同关心的其他事项进行合作。”防治外来入侵物种的目的之一就是为了保护生物多样性和生态环境，这些规定正是各国协作共同防治外来入侵物种的法律依据。世界自然保护联盟物种生存委员会制定的专门针对防治外来入侵物种的指导性文件《防止外来入侵物种导致生物多样性丧失的指南》，就防治外来入侵物种的国际合作提出了许多具体建议，例如“邻近国家应考虑实施联合行动以预防跨境迁移的潜在外来入侵物种的害处。这些合作行动包括：协议通过如信息警戒等途径实行信息共享，以及在出现这类跨境迁移时进行咨询及做出迅速反映”。“普遍发展国际性合作，预防和对抗外来入侵物种所造成的危害，并且提供协助、技术转移以及与风险评估和管理技术有关的能力发展。”这些国际法律文件反映了各国在共同防治外来物种入侵方面已经达成了共识，并且通过设定合作方式和具体合作事项积极地实现多边或双边合作。