根据《公约》有关条款和缔约方大会的决定，对付外来侵入物种的措施都应尽可能地遵循生态系统方式管理原则。

生态系统方式是综合管理土地、水和生物资源，公平促进其保护与可持续利用的战略。生态系统方式的应用将有助于实现《公约》以下三个目标的平衡：保护、可持续利用、公平和公正分享基因资源的利用所带来的利益。此外，生态系统方式已被可持续发展问题世界首脑会议认可为加强可持续发展和减缓贫穷的一个重要手段。

生态系统方式所依据的是运用适宜的科学技术，重点放在各级生物组织，涉及生物组织与其环境之间的基本进程、功能和交互作用。它确认人类以及其文化的多样性，是各系统整体的一个组成部分。(www.daowen.com)

生态系统方式为落实《公约》的目标提供了综合框架。这一方法综合了三个重要考虑：（1）生物组成部分的管理应与组织的生态系统层面的经济和社会考虑同时进行，而不是简单地将重点放在管理物种和生境上；（2）如要使土地、水和生物资源的公正管理具有可持续性，就必须进行统一管理，必须以自然限度为界限，并利用生态系统的天然机能；（3）生态系统管理是一个社会进程，涉及许多社区的利益，必须通过建立有效的决策和管理结构与程序，让这些社区参与管理。

生态系统方式是帮助制定决策和规划决定的综合方法框架，在这一框架内，执行《公约》者可制定适用于特定情况的更具体办法。生态系统方式是有助于解决《公约》所涉各种问题的工具，包括有关保护区和生态网络的工作。对土地、水和生物资源管理实行生态系统方式，并非只有一条正确道路。可灵活运用基本原则解决不同社会环境中的管理问题。现在已有一些国际组织制定了与生态系统方式具有部分一致性、互补性甚至是相同性的准则，如《负责任渔业行为守则》。