全过程控制原则，是指应当对有关生物技术的研究、开发、使用到一般转基因生物体的使用、释放和处置以及相关生物产品的市场化等环节，进行全过程的规范和控制。

如前所述，转基因生物技术及转基因生物体可能对人体健康和生态环境带来不可估计的风险和损害。而这种风险，可能来自于生物技术和转基因产品的计划、设计、试验、生产、运输、销售、选种、越境转移等各个环节。生物安全这一特征，决定了其法律保障要区别于一般安全，即要在注重风险预防的同时，建立事前、事中、事后的全过程监控机制，确立严格合理的法律制度，提供系统全面的法律保障。(www.daowen.com)

生物安全国际法较好地落实全过程控制原则应对转基因生物安全问题，最初的环节就是实验阶段。因此，国际社会首先在该领域进行了立法。如世界卫生组织在1983年发布了对实验室的生物安全工作进行指导的《实验室生物安全手册》，经济合作与发展组织（OECD）也制定了生物技术在实验室、工业生产和环境中的安全原则和标准。1991年联合国工业发展组织《关于将微生物引入环境的自愿行为准则》的重点是约束对环境引入改变基因的生物体的行为，但它适用于所有阶段上的改变了基因的生物体的研究、开发、贸易、应用和处置。而1995年联合国环境规划署《关于生物技术生物安全的国际技术准则》是在《生物安全议定书》之前关于生物安全管理的内容最全面的国际文件，全过程控制原则也贯穿了该《准则》的始终。2000年的《生物安全议定书》也体现了全过程控制的精神，其适用范围主要包括LMOs的越境转移、过境、处理或使用等环节。