《议定书》生效以来，其关注的一个重点问题，就是改性活生物体（LMOs）越境转移所致损害的赔偿责任和补救办法。早在《议定书》举行谈判期间，该问题就是谈判议程上的主题之一。

转基因生物体一旦出现问题，谁将赔偿由此造成的损失，补救和恢复原状的责任又由谁来负？一旦改性活生物体危及环境、农民的生计、人类的健康，补偿金和相应的法律后果由谁来承担？我们知道使用转基因生物体可能会造成损害——损害环境、生物多样性、人类和动物的健康或是农民的社会经济福利。这一点随着《卡塔赫纳生物安全议定书》的创立已经为国际组织所认识。

然而，《议定书》对于转基因生物体的越境转移导致损害的赔偿责任问题并没有作出实际、具体的规定，而只是在第27条中规定了缔约方解决该问题的途径。^[11]《议定书》对于这个极为重要的实质性问题采取此种“冷处理”的方式，是可以理解的。众所周知，损害赔偿责任的规定是国际法中相当敏感而又极具挑战性的工作。在很多国际条约的制定中，责任规则始终是争论最为激烈而又很难妥协的环节。在环境保护领域，为了避免因责任规则的讨论而延误了环境保护的时机，许多公约都采取了先回避实体性规定，留待以后再行商议的做法，这也是框架公约模式的优越性之一。

然而，转基因生物体越境转移导致损害的赔偿责任问题作为一个关键和紧迫的实质性问题，如果久拖不决，必然会使《议定书》缺乏可操作性，甚至有被架空的可能性。正是因为如此，《议定书》要求在其生效之后立即审议这个极具重要性的问题。

《公约》缔约方大会在其第EM-I/3号决定第6段中决定设立不限成员名额的关于生物技术安全的卡塔赫纳议定书特设政府间委员会（ICCP），其任务是为卡塔赫纳议定书缔约方第一次会议进行必要的筹备工作。2000年5月举行的第五次会议上，缔约方大会认可了ICCP的工作计划，该工作计划中包括《议定书》第27条规定的LMOs越境转移导致损害的赔偿责任和补救问题。(www.daowen.com)

ICCP共举行了三次会议，在第二次和第三次会议上其编写的一份决定草案中，ICCP建议建立关于赔偿责任和补救措施的法律和技术专家不限名额特设工作组，并在缔约方大会作为《卡塔赫那生物安全议定书》缔约方第一次会议上确定该特设工作组的职权范围。

在2004年2月27日，作为议定书缔约方会议的缔约方大会审议了ICCP提出的决定草案，决定设立赔偿责任和补救问题不限成员名额特设法律和技术专家工作组（以下简称“责任和补救问题工作组”），以根据《议定书》第27条的规定，开展“详细拟定适用于因改性活生物体的越境转移而造成损害的赔偿责任和补救方法的国际规则和程序的进程”。

在转基因生物体越境转移导致损害的赔偿责任问题上，由于参与方具体国情存在的巨大差异以及由此决定的不同的利益诉求，各国几乎在每个问题上都存在着激烈的对立、争论。基本上，中国和77国集团在转基因产品越境转移上坚持“预防为主”原则，认为如果缺少关于责任和赔偿的规定，议定书的合法性和有效性将大打折扣；美国、加拿大、阿根廷、智利、澳大利亚、乌拉圭6个主要农产品出口国组成“迈阿密”集团（The Miami Group）^[12]，认为对于处理转基因作物的风险，通过国内的产品责任法就足够了，而没有必要再在国际法层面上作附加的规制。日本、韩国和墨西哥组成“和事”集团。具体而言，各方争议的焦点问题主要有：（1）越界转移改性活生物体造成的损害应该得到赔偿的类型；（2）越界转移改性活生物体所致损害赔偿责任标准是什么；（3）越界转移改性活生物体造成损害时，可以豁免赔偿责任的情形；（4）谁应该承担越界转移改性活生物体所致损害的赔偿责任；（5）赔偿责任是否应该有时间限制以及金额限制；（6）是否应该确立财务安全，以赔偿越界转移改性活生物体造成的损害。缔约各方在此问题上的争执和分歧，已经成为阻碍生物安全国际法进一步发展的主要因素。

责任与补救问题工作组于2005年至2008年之间共举行5次会议。在第五次会议上，责任与补救问题工作组提请联合主席在作为议定书缔约方会议的缔约方大会第四次会议之前召集一次联合主席之友会议（a meeting of the Friends of the Chairs）。2008年5月，联合主席之友会议在德国波恩举行，会议修改了责任与补救问题工作组最后提交的报告。^[13]作为议定书缔约方会议的缔约方大会审议了责任与补救问题工作组和联合主席之友会议提交的报告，通过BS-Ⅳ/12号决议，成立联合主席之友小组，并授权其进一步讨论和制定改性活生物体越境转移的国际规则和程序。2009年2月，联合主席之友小组第一次会议在墨西哥城举行，在会议上达成了《〈卡塔赫纳生物技术安全议定书〉关于跨境转移改性活生物体造成损害的补充议定书》。^[14]在此基础上，2010年10月，在日本名古屋举行的作为议定书缔约方会议的缔约方大会第五次会议上通过了《卡塔赫纳生物安全议定书关于赔偿责任和补救的名古屋-吉隆坡补充议定书》（Nagoya-kuala Lumpur Supplementary Protocol on Liability and Redress to the Cartagena Protocol on Biosafety，以下简称《名古屋-吉隆坡补充议定书》）。该议定书旨在通过制定改性活生物体的赔偿责任与补救领域的国际规则和程序，协助对生物多样性的保护和可持续利用，同时顾及对人类健康所构成的风险。议定书适用于源于越境转移的改性活生物体所造成的损害，所指改性活生物体为：（1）拟直接作食物或原料或加工之用的改性活生物体；（2）指定为封闭使用的改性活生物体；（3）拟有意引入环境的改性活生物体。^[15]议定书对“损害”、“重大”等术语的含义、议定书适用的范围、损害发生时应对措施及豁免等作出了规定。但正如有学者指出的，该议定书仍将许多问题交由国家决定或在国家层面执行^[16]，也并没有建立起针对转基因生物越境转移对人、财产或环境造成损害的责任制度。^[17]在2012年10月在印度海德拉巴举行的COP/MOP 6上，会议秘书处提出对《名古屋—吉隆坡补充议定书》的一些修改^[18]，至今尚未生效。有学者认为生物安全损害赔偿国际法应确立无过错责任原则、责任分担原则与国家责任原则。^[19]