任何新技术的出现，都有两重性，都是双刃剑。在转基因技术为人类带来诸多福祉的同时，也有科学家对转基因生物的大量应用提出了质疑。他们提醒人们注意，人为对自然界的干预是否会潜藏着尚不能预知的危险？大量应用转基因生物会不会破坏生物多样性？甚至可能对人类健康造成伤害？目前，这些质疑逐渐集中在转基因作物和动物对人体健康和生态环境是否构成了一定的安全隐患的问题上。^[5]

在人体安全方面，人们普遍担心转基因作物和动物会产生以下后果：^[6]（1）毒性问题。由于目前人们对基因的活动方式了解还不够透彻，没有十足的把握控制基因调整后的结果，突然的改变可能会导致一些有毒物体的产生。以黄金大米为例，有学者认为黄金大米在很大程度上仍是一个没有经过严谨科学证明无害的技术。^[7]此外，转基因作物在达到某些人想达到的效果的同时，也可能增加食品中原有的微量毒素。（2）过敏反应问题。作物引入基因后，会带上新的遗传密码而产生一种新的蛋白质，某些蛋白质会引起过敏症，因此转基因食物可能会引发某些人的过敏反应。（3）抗药性问题。在食品转基因过程中，如果使用了具有抵抗临床治疗用抗生素的基因，这种食品被食用后就有可能在人体内将抗药性基因传给致病的细菌，从而使人体产生抗药性。（4）有益成分遭破坏问题。有研究发现，外来基因会以一种人们目前还不甚了解的方式破坏食物中的有益成分。

在生态环境方面，人们认为转基因技术可能带来以下几个方面的生态危险性：^[8]（1）污染传统作物。传统作物包括数量庞大的品种，在它们的染色体上，均储存有人类所需的各式各样的性状基因，是人类通过几千年培育和选择保留下来的，是一个巨大的资源。但随着转基因作物中的转基因扩散到传统作物上，传统作物的染色体被各种各样的转基因所充斥，我们将无法保留这些传统作物的原有性状。（2）污染自然界的生物基因库。近年来国外已有研究报道，转基因玉米的抗除草剂基因已飘散到附近地区野生的芜箐植物上。一些转基因生物，如转基因鱼类、转基因无脊椎动物和转基因森林、转基因藻类，都具有极强的繁殖力，或向外界释放大量的生殖配子，而其周围自然环境也存在许多有性繁殖兼容的野生种和近缘种，这些野生物种很容易受到同类转基因物种转基因的污染。（3）影响自然界的生态平衡。基因飘散的结果可能使某些野生物种从转基因获得新的性状，如耐寒、抗病或速长等，因此可能具有更强的生命力；但也可能使其生命力更弱，因为它们没有经过自然选择这样的进化过程。不管是哪种结果，均将打破自然界的生态平衡。（4）能够在自然界增殖和扩散。基因是一切生命的基本组成部分，而繁殖又是生命的基本特征。生命繁殖的本质就是基因的复制。基因污染是在天然的生物物种基因中掺进了人工重组的基因。这些外来的基因可随被污染的生物的繁殖而得到增殖，再随被污染生物的传播而发生扩散。因此，基因污染是一种非常特殊又非常危险的环境污染。(www.daowen.com)

虽然人们对上述问题的担忧并未得到科学上的完全证实，但也没有充足的科学证据和论证能对其加以否定。因此，转基因生物及其产品的安全问题就成为始终笼罩在人们心头的阴影。