《公约》为各国管制遗传资源获取与惠益分享确立的基本制度是“共同商定条件”（Mutual Agreed Terms，简称为MAT）。作为获取与惠益分享管制的一项基本原则，共同商定条件的目的是在遗传资源获取与惠益分享领域为遗传资源提供国营造一种更为公平的交易环境。具体而言，获取申请者必须与遗传资源提供国的有关主体在法定标准的基础上进行谈判，就获取遗传资源以及分享惠益的条款和条件达成一致。

《公约》曾在多处提及“共同商定条件”一词。《公约》首次提及该概念是在确定遗传资源获取管制框架的第15条。该条第4款规定，获取得到遗传资源提供国批准后，应按照共同商定的条件进行。该条第7款又规定，各缔约国应酌情采取措施，按照共同商定的条件与提供遗传资源的缔约国公平分享研究和开发此种资源的成果以及商业和其他方面利用此种资源所获的利益。《公约》还将“共同商定条件”原则适用于技术转让问题。《公约》第16条第3款要求每一缔约国应酌情采取措施，以期根据共同商定的条件向提供遗传资源的缔约国（特别是其中的发展中国家）提供利用这些遗传资源的技术和转让此种技术。此外，《公约》关于生物技术惠益分配的规定也强调了这一原则。《公约》第19条第2款规定，每一缔约国应采取一切可行措施，以赞助和促进那些提供遗传资源的缔约国（特别是其中的发展中国家）在公平的基础上，按照共同商定的条件，优先取得基于其提供资源的生物技术所产生的成果和惠益。

《公约》关于共同商定条件的这四项条款，分别适用于两个领域。其中第一项规定适用于遗传资源获取领域，其余三项适用于惠益（包括研发遗传资源产生的惠益、利用遗传资源的技术以及基于遗传资源的生物技术的惠益）分享领域。关于获取的共同商定条件，期望遗传资源提供国与希望获取遗传资源的另一方之间通过协商谈判达成某种共识，形成一项协定。但是，获取协定的意义不仅在于准许申请者获得遗传资源，而且在于就返还利用这些遗传资源所产生的惠益达成一致。这是因为，抛开获取协定去谈判惠益分享或者在获取协定之后再去协商惠益分享在实践中都是不太可行的。而所有关于惠益分享的共同商定条件，均以生物开发者获取了遗传资源提供国的遗传资源并获得了一定惠益为基础。没有遗传资源获取这个前提，遗传资源提供国与获取申请者关于惠益分享的共同商定条件就会像空中楼阁一样。由此可见，这些条款中的共同商定条件在实质上是一个整体。《公约》的本意在于将共同商定条件确立为获取与惠益分享的一项基本原则。(www.daowen.com)

共同商定条件是《公约》的一大创新，它也是《公约》继事先知情同意之后确立的另一项获取与惠益分享基本制度。共同商定条件与事先知情同意共同服务于《公约》的一个基本理念：避免和扭转遗传资源提供国与利用者在遗传资源获取与惠益分享交易中存在的实力不平衡，以求在更加公平合理的环境下进行便利获取与分享惠益的基本交换。具体而言，事先知情同意是一种程序性安排，它旨在通过要求获取申请者事先提供合理信息来尽可能消除获取提供者在遗传资源的信息获取方面所处的劣势；而共同商定条件是一种实体性要求，其目的是规定获取申请者必须遵守的最低标准来平衡遗传资源提供国与获取者之间的谈判实力。二者构成《公约》以及各国获取与惠益分享管制框架的两块基石，缺一不可。就这两项制度的关系而言，事先知情同意是共同商定条件的先决条件，共同商定条件是事先知情同意的最终体现。

此外，《名古屋议定书》在涉及“遵守共同商定条件”时规定，各缔约方应鼓励遗传资源和（或）与遗传资源相关的传统知识的提供者和使用者在共同商定条件中写入酌情涵盖争端解决的条款，包括：（1）提供者和使用者将争端解决程序提交的管辖权；（2）适用的法律；（3）可选择的其他争端解决方法，例如调解或仲裁。各缔约方在共同商定条件出现争端时，应确保在其法律制度下，根据适用的司法规定，存在追索的机会。