大多数生物多样性条约都设立了级别较高的专门机构来监督条约的实施。这种生物多样性条约设立的专门机构具有一定的国际法律人格并享有一定的决策和解决争端的权力，有的甚至有一定的执行权。这类国际组织中比较重要的有1946年《国际捕鲸公约》之国际捕鲸委员会、1971年《关于特别是水禽生境的国际重要湿地公约》（《拉姆萨尔公约》）大会、1973年《濒危野生动植物物种国际贸易公约》缔约国大会、联合国教科文组织世界遗产委员会以及1992年《生物多样性公约》缔约国大会等。

（一）国际捕鲸委员会

国际捕鲸委员会（International Whaling Commission，IWC）于1946年12月2日根据《国际捕鲸公约》在华盛顿成立，其宗旨和任务是：调查鲸的数量；制定捕捞和保护太平洋鲸藏量的措施如确定鲸的保护品种和非保护品种、开放期和禁捕期、开放水域和禁捕水域、捕捞时间和工具等；对捕鲸业进行严格的国际监督。

所有认同1946年签订的《国际管制捕鲸公约》的国家都可以成为国际捕鲸委员会的会员国。每个成员国选派一名代表，接受专家和顾问的指导。委员会的主席和副主席由委员选举产生，任期3年。关于鲸类和捕鲸问题的非约束性决议采用简单的投票方式过半数通过。而约束性决议（如关于商业捕鲸当前备忘录的更改）则要求2/3多数票通过。

国际捕鲸委员会于1986年通过了《全球禁止捕鲸公约》，严格禁止商业捕鲸。2006年，该委员会大会通过了一项支持恢复商业捕鲸的议案，但由于推翻1986年的商业捕鲸禁令需要得到委员会75%以上成员的支持，因此商业捕鲸禁令目前依然有效。

（二）1971年《关于特别是水禽生境的国际重要湿地公约》缔约国大会^[27]

缔约国大会是《拉姆萨尔公约》的决策机构，大会每三年举行一次。会议主要接受缔约各国前三年活动的国家报告，批准未来三年的工作方案以及预算安排，就已经或者即将出现的环境问题向缔约国提供指南。

非缔约国的国家、政府间机构以及非政府组织也可以作为观察员参加会议，但不享有投票权。缔约国大会通过了投票的程序规则，但迄今所有的决定（决议或建议）包括实体性决定都是经由协商一致通过的。

缔约国大会举行期间，同时会针对已经或者即将出现的、对湿地保护和合理利用具有重要意义的议题举行一系列技术会议，技术会议的报告通常会被通过为缔约国大会的决议或者建议。

公约的实施是通过缔约国大会、常务委员会、公约秘书处，以及科技审查专家组（STRP）的建议和国际组织伙伴（IOPs）^[28]的支持之间的协同合作实现的。常务委员会是缔约国大会休会期间的执行机构，它在缔约国大会决议的框架内开展活动。常委会的委员国由缔约国大会选举产生。常委会通常每年举行一次会议。秘书处则处理公约的日常事务，总部设在世界自然保护同盟。

1984年的缔约国大会以《第2.3号建议》的形式通过了《〈拉姆萨尔公约〉实施框架》，规定了缔约各国的长期承诺和优先事项，此后几次缔约国大会则根据相关决议对此框架进行了更新。1996年以后，则是通过规定缔约国、常务委员会、秘书处、科技审查专家组和国际组织伙伴应当采取的优先目标和具体行动的《战略计划》和相关行动计划的形式来推动公约的实施。公约目前推行的是第三次《战略计划》（2009～2015年）。

（三）1973年《濒危野生动植物物种国际贸易公约》缔约国大会

《濒危野生动植物物种国际贸易公约》（CITES）缔约国大会是CITES的最高决策机构，每两年召开一次，与会者包括各缔约国代表、CITES秘书处、联合国环境规划署的代表以及经2/3成员国赞成作为观察员的非政府组织代表。

缔约国大会讨论CITES执行中的重大问题，如检查、审议CITES的执行情况，讨论修订附录一、附录二物种名单，讨论秘书处或任一缔约国的报告或提案等，这些重大问题均由缔约国大会作出决定。

缔约国大会常务委员会是缔约国大会休会期间的最高决策机构，主要研究处理履约的政策性问题，贯彻执行CITES大会决议或决定的有关事宜。常务委员会向秘书处提供总的政策和业务指导，代表缔约国对秘书处的经费预算及其执行进行监督；同时指导、协调和监督其他委员会开展工作。在两届缔约国大会之间有必要的情况下，常务委员会可召开会议开展临时性工作。缔约国大会常务委员会由世界各大区推选出2～3个代表组成。(www.daowen.com)

为了执行缔约国大会的决议，CITES设立了常设的秘书处，设在瑞士的日内瓦。秘书处主要负责与各缔约国的日常联系，协助各缔约国履约。秘书处履行CITES第15、16条规定的职责；根据缔约国大会批准的计划开展科学和技术研究；研究缔约国提交的报告；提请成员国注意与公约宗旨有关的任何事项；定期出版最新版本的附录一、附录二和附录三，并向成员国分发；向缔约国大会提交年度报告和其他有关报告；提出执行公约的建议以及科学技术确保交流，执行缔约国委托的其他职责。秘书处内部设4个部：能力建设部、执法协助部、CITES解释及服务部、科学协调部。

此外，根据缔约国大会的决议，CITES还设有4个专业委员会，即：动物委员会、植物委员会、命名委员会、鉴定手册委员会。主要职责是协助缔约国大会开展工作，负责处理各专业方面的科学和技术问题。如：编制和维护标准化动植物名录，编著动植物物种鉴定手册，确定大宗贸易物种并对其进行审查、评估和提出建议，定期审查CITES附录所列动植物种，将CITES附录所有物种所在分类阶元的标准命名范围扩大到亚种和植物变种的水平，确保正确使用动物学和植物学的命名，为《野生动植物鉴定手册》的编著提供指导和协调，为标本鉴别、执法官员提供指导和培训，及时将新的附录物种收录入鉴定手册等。

缔约国大会还与相关国际组织合作，充分发挥海关和国际刑警组织在野生动植物进出口管理环节上的监管和打击走私犯罪的作用。世界海关组织成立了《濒危野生动植物种国际贸易公约》项目工作组，建立了庞大的野生动植物贸易中心数据库，为各国海关加强对野生动植物进出口监管提供信息支持。国际刑警组织成立了打击侵害濒危野生动植物犯罪工作组，通过提供全球执法协作，加强对野生动植物走私犯罪分子的打击力度。目前这三个组织已建立了广泛的联系协作机制，每年召开《濒危野生动植物种国际贸易公约》联席会议，邀请有关国家代表参加。另外，还运用经济手段促进该公约的执行，对不遵守该公约条款或大会决议的国家，采取限定、暂停或号召其他国家终止与其贸易，或由缔约国大会、常委会强制执行的措施。该公约在保护野生动植物资源方面取得的成就及享有的权威和影响举世公认，已成为当今世界上最具影响力、最有成效的环境保护公约之一。

（四）联合国教科文组织世界遗产委员会

1972年11月16日，联合国教科文组织大会第17届会议在巴黎通过了《保护世界文化和自然遗产公约》。根据该公约，设立了世界遗产委员会（World Heritage Committee）和世界遗产基金（World Heritage Fund）。

联合国教科文组织世界遗产委员会是政府间组织，成立于1976年11月，由21个成员组成，负责《保护世界文化和自然遗产保护公约》的实施。委员会每年召开一次会议，主要决定哪些遗产可以录入《世界遗产名录》，对已列入名录的世界遗产的保护工作进行监督指导。委员会成员每届任期6年，每两年改选其中的1/3。委员会内由7名成员构成世界遗产委员会主席团，主席团每年举行两次会议，研究世界遗产委员会的工作。委员会每年在不同的国家举行一次世界遗产大会，主要决定哪些遗产可以录入《世界遗产名录》，对已列入名录的世界遗产的保护工作进行监督指导。

世界遗产委员会承担4项主要任务：（1）在挑选录入《世界遗产名录》的文化和自然遗产地时，负责对世界遗产的定义进行解释。在完成这项任务时，该委员会得到了国际古迹遗址理事会和国际自然资源保护联盟的帮助；这两个组织仔细审查各缔约国对世界遗产的提名，并针对每一项提名写出评估报告。国际文物保护与修复研究中心也对该委员会提出建议，如文化遗产方面的培训和文物保护技术的建议。（2）审查世界遗产保护状况报告。当遗产得不到恰当的处理和保护时，该委员会让缔约国采取特别性保护措施。（3）经过与有关缔约国协商，该委员会作出决定把濒危遗产列入《濒危世界遗产名录》。（4）管理世界遗产基金。对为保护遗产而申请援助的国家给予技术和财力援助。

世界遗产委员会还设立了“世界遗产基金”，规定资金来源包括：“缔约国义务捐款和自愿捐款”；“其他国家、联合国教科文组织、联合国系统其他组织、其他政府间组织、公共或私立机构或个人的捐款、赠款或遗赠”；“基本款项所得利息”；“募捐的资金和为本基金组织的活动所得收入”；“基金条例所认可的其他资金”。“对基金的捐款不得带有政治条件”，缔约国每两年定期向世界遗产基金纳款。

联合国教科文组织还专门设置了世界遗产中心，又称为“公约执行秘书处”。该中心协助缔约国具体执行《保护世界文化和自然遗产公约》，对世界遗产委员会提出建议，执行世界遗产委员会的决定。

（五）1992年《生物多样性公约》缔约国大会

1992年《生物多样性公约》缔约国大会是目前生物多样性保护领域最为重要的国际组织，它在生物多样性全球治理中发挥着不可替代的作用。

缔约国大会是公约的最高组织机构和权力机构，由批准公约的各国政府（含地区经济一体化组织）组成。缔约国大会通过定期召开会议作出决议促进公约的执行。这个机构检查公约的进展，为成员国确定新的优先保护重点，制定工作计划。缔约国大会也可以修订公约，建立顾问专家组，检查成员国递交的进展报告并与其他组织和公约开展合作。

缔约国大会可以从公约建立的其他机构获得专业知识和支持，如：科学、技术和工艺咨询附属机构（SBSTTA），资料交换所机制、秘书处等。SBSTTA由来自成员国相关领域的专家组成，它在向缔约国大会提供科学和技术问题建议方面起着关键作用。资料交换所机制（Clearing-House Mechanism）是基于因特网的促进科技合作和信息的网络。秘书处设在加拿大的蒙特利尔，与联合国环境署紧密联系，主要职能是组织会议、起草文献、协助成员国履行工作计划、与其他国际组织合作，收集和提供信息。此外，缔约国大会在其认为适当时可成立专门委员会或机制，缔约国大会于1996至1999年间成立了生物安全工作组，并成立了土著知识和地方社区工作组。

缔约国大会已经召开了11次一般性会议和1次特别会议（该次会议分为2个部分，通过了《生物安全议定书》）。自1994年至1996年，缔约国大会每年定期召开一般性会议，此后，会议不再那样频繁召开，2000年，会议程序进行了改变，现在每两年召开一次，第十一次缔约国大会已于2012年10月在印度海德拉巴召开。