政府间国际组织一旦产生就拥有某种自主权，是一个独立的国际人格者，是与成员国相对应的一个国际环境法主体；不过，它们的存在并非要动摇现今由主权国家组成的国际社会的基本结构，不构成对国家作用的威胁和取代，不是凌驾于主权国家之上的超国家组织或世界政府，而是各国政府单独地或集体地实现其对外政策的工具，是促进成员国利益，促使各国政府更好地发挥职能的一种合作手段。^[11]因此，在生物多样性领域，国际组织根本的和首要的作用在于促进国家间合作以及全球良治（good governance）的实现。

具体地看，国际组织在当今生物多样性全球治理事业中的作用可主要从以下几个方面来考察：

（1）提供生物多样性国际论坛。国际组织为动员世界舆论、伸张国际正义、关注作为人类共同利益的全球生物多样性保护提供了讲坛。^[12]国际组织积极活动，出版和传播有关资料，进行广泛宣传；举行各种国际生物多样性会议，与世界不同阶层的人士交换意见和磋商，唤起各国人民对生物多样性保护的注意和重视；设立机构进行调查研究，建立世界性生物多样性调查监测体系；呼吁各国人民投身于维护人类共同利益的活动。

（2）协调主权国家在生物多样性领域的环境利益。各主权国家在彼此交往中既存在共同利益又可能出现矛盾和冲突，单靠一个国家单方面的行动以求得矛盾和冲突的解决，是十分困难的，有时甚至是不可能的，而通过国际组织则可以达到协调冲突、缓解矛盾、促进合作的目的。国际组织一般都具有一套既能维护国家主权又能增进主权国家之间共同利益的制度与方法。各主权国家通过以协定形式建立的国际组织来进行国际性的集体协调，能够取得只靠单个国家所不能取得的成就。(www.daowen.com)

（3）组织规划各国的生物多样性保护行动。促进国际社会整体的可持续发展，需要有不同领域不同层次的大大小小的组织协调中心，联合国就是这方面最大的组织协调中心。在国际环境保护领域，起主要作用的是那些专门的国际或区域环境组织及生物多样性条约设立的国际组织。前者主要负责全球及区域的生物多样性保护及可持续发展的整体规划，而后者则侧重于对生物多样性条约的实施与执行的监督以及所调整的具体领域的项目、行动计划和方案的制定与实施。可以说，国际生物多样性保护领域正常秩序的建立必须借助于有关国际组织的组织职能。

（4）促进生物多样性国际法的制定与实施。首先，国际组织全体会议的与生物多样性法律问题有关的外部决议，能产生一定的法律效力。它们在不同程度上具有阐明、确认或宣示国际法环境原则与习惯的作用，直接影响到形成国际习惯法的传统方式。其次，国际司法机构关于生物多样性问题的判决在实践中往往被作为辩论与判决的依据，几近于生物多样性国际法的一种形式渊源，有助于解释、澄清国际环境法的有关法律原则与规则。最后，国际组织为履行其职能，实现其宗旨，常常发起和主持缔结各种生物多样性国际公约或多边条约，或者成立专门机构以系统地编纂和发展生物多样性相关的国际法。此外，几乎每一项生物多样性国际条约都会指定一个国际组织或机构（如缔约国大会）负责监督条约的实施。成员国有义务定期向该组织报告其履约情况或违约事件。

（5）避免和解决与生物多样性有关的争端。近年来，因跨界生物多样性损害和争夺重要生物资源而引发的国际环境争端不断增多。国际组织在相当大的程度上已成为避免与和平解决国家间环境争端的有效工具。许多国际组织的基本文件和国际环境条约都将之列为自己的重要职能或主要内容，并且规定了相应的争端避免与解决机制。国际组织以其大量实践证明了自己在避免与和平解决生物多样性相关争端方面不可替代的作用。如世界贸易组织对1991年“墨西哥诉美国金枪鱼案”的解决就是一个例证。