不过，在相当长的一段时间内，保护生物的国际法一直饱受“缺乏广泛的战略或政策”之诟病。在1972年和1992年之间，国际社会针对那些具有较大商业价值的特定物种或品种，制定了300多项专门的国际环境协定以试图减缓和扭转生物流失的局面。但随着生物多样性的继续流失，人们发现对野生生物单行立法的方式不足以保护地球上的生物多样性。而且，生物保护学家发现，过度保护某种珍稀动植物，会使决策者忽视对其他动植物的保护。显然，应当采取更加有效的措施。

20世纪90年代前后，可持续发展的理念逐渐深入人心。基于对环境和生态系统的整体性、环境问题的综合性等特点的认识，人们了解到针对个别的物种或栖息地采取的保护措施，并不能从整体上解决生物多样性问题，必须改变传统做法，另辟蹊径。因此，他们呼吁制定一项广泛的框架公约，以涵盖威胁地球上生命形式多样性的各种危险。通过保护生态系统的健康来保护生物多样性，是一种全新的保护方式。尽管1940年《关于西半球自然和野生动物保护的公约》也承认生态系统保护的重要性，但是国际社会几乎没有认真实施过这方面的规定。28年后的一项区域公约——《非洲自然和自然资源保护公约》也更加重视生态系统的保护。在全球范围内，最初体现这种思想的是软法文件，如1980年《世界自然保护战略》和1982年《世界自然宪章》。特别是《世界自然宪章》，它是世界自然保护同盟（IUCN）纪念1972年斯德哥尔摩会议召开10周年所发起并促成联合国大会通过的一项国际法文件，也是在人与自然关系方面进展最大也是最具创新性的一项国际文件。该宪章措辞严厉，但它只是一项不具有法律约束力的软法文件。尽管如此，该宪章也成为生物多样性保护理念转变的里程碑。最终，《世界自然宪章》所蕴含的广泛的、整体性的保护理念得以体现在1992年的《公约》中。

从1984年到1987年，IUCN发起了第二轮的努力，它起草并完善了一系列可以被纳入《公约》的条款。IUCN的建议条款集中草拟了全球为保护遗传、物种和生态系统层次的生物多样性所需付诸的行动，特别是在保护区内外的就地保护措施，以及关于财务机制的详细建议。但是，各国政府拒绝将IUCN的建议作为进行谈判的基础。尽管如此，IUCN的努力为吸引全球的关注以及对生物多样性的支持发挥了重要的作用。

一直到了1987年，联合国环境署（United Nations Environment Programme，UNEP）意识到经过多年的努力，生物多样性的消失不但没有减缓，而且每况愈下，保护生物多样性的行动迫在眉睫。于是，UNEP成立了一个特别工作组（ad hoc Working Group）来调查是否有必要以及有没有可能“制定一项综合性公约的意愿以及可能的形式，以便使该领域的活动合理化，并解决其他可能处于该公约调整范围内的领域的活动”（UNEP，GC Res.14/26.1987）。该项“包容性”（umbrella）公约^[5]的最初目的是涵盖当时及未来所有的环境保护与生物保护公约，为各种保护野生生物以及生物栖息地的国际条约提供协调的框架。该特别工作组在1988年的第一次会议所作的结论是既有各公约只提到生物多样性保护的特定问题，并不能充分满足全球生物多样性保护的全面需求。当时已签订的公约，只涵盖了一些国际重要的自然地点（如《世界自然与文化遗产保护公约》）、濒绝物种的贸易威胁（如《华盛顿公约》）、某类特定的生态系统（如《拉姆萨尔公约》）和某一种群的物种（如《波恩公约》）。当然，除此之外还有一些区域性的自然资源保护公约和相关法律文件。不过，就算所有这些公约加起来，也不足以保障全球的生物多样性。最终，特别工作组达成共识，统一现行的国际条约在政治上、法律上以及技术上都很难行得通，应当建立一或多个具有约束力的全球法律机制，特别是可以在既有公约之上建立一个新的框架性（framework）条约^[6]，以保护全球生物多样性。

在工作组活动期间，很多国家特别是南方国家不愿意接受一项主要考虑生物多样性保护的公约。发展中国家并不看好新的全球化条约的前景；而且他们普遍担心，推动这样一个“议程”会阻止他们利用自然资源，从而影响其社会和经济的发展。相反，他们认为，该公约还应当考虑生物多样性和生物技术的可持续利用问题。(www.daowen.com)

经过一个长期的争论，发展中国家利用他们拥有丰富生物资源的事实，从发达国家处取得了一系列让步。这些让步包括从发达国家获得财政支持和技术转移（如生物工艺和监测技术）；有关管理生物工艺的议定书；承认当地保护生物多样性的社团；规定在某种条件下允许国家公平合理分享由利用其遗传资源所产生的各种利益。这种方法等于是让发达国家的政府和公司承担义务，将利用从发展中国家取得的遗传资源而获得的产品利益与它分享。发展中国家要求他们得到发展的权利，至少是承认他们对其境内生物资源的所有权。在草案内容中，拥有丰富生物资源的发展中国家也成功地获得了法律的认可，承认他们对自己的生物资源完全拥有权利。这些资源不再如同国际社会过去所认为的那样，是全人类的共同遗产。

正式谈判开始于1991年，UNEP的工作组被改组为“生物多样性公约政府间谈判委员会”（Intergovernmental Negotiating Committee for a Convention on Biological Diversity，INC）。最终，谈判被纳入到1992年里约联合国环境与发展会议（UNCED）的筹备活动中，被期望能够在该次会议上开放签署。在里约会议之前达成协定的压力具有两个效果。一方面，它促使各国尽快达成妥协并形成协议；另一方面，谈判的达成很仓促，留下了一个若干条款相互冲突而且含混不清的文本。最终文本在1992年5月22日，即筹备委员会会议的最后一天完成，供两周后开始的里约会议开放签署。根据《公约》第36条之规定，《公约》在第30个缔约国（蒙古）批准加入书交存之日的90天之后（亦即1993年12月29日）生效。该《公约》没有为保护生物多样性提供具体的标准或者措施，它也没有为最初设想的保护所有物种和生物多样性的法律机制提供框架。不过，它确实涵盖了地球上所有的生命多样性，并为各国的保护努力提供了重要的指导。

此后，保护生物多样性的国际法也经历了一个较为迅速的发展时期。从数量上看，这一阶段，保护生物多样性的国际法增长的并不是很多，但是几乎所有的法律文件都体现了全新的保护理念，主要有1992年《波罗的海海洋环境保护公约》、1992年《生物多样性公约》、1995年《地中海生物多样性特别保护区议定书》、1995年8月在纽约签订的《跨界鱼类种群和高度洄游鱼类种群的养护与管理协定》、1999年《莱茵河保护公约》、2000年《卡塔赫纳生物安全议定书》、2003年《非洲自然与自然资源保护公约》（修订版）等。

这一阶段，保护生物多样性国际法的特点主要体现为三个方面：首先，以1992年《公约》为典型，各公约都奉行了综合生态系统保护（Integrated Ecosystem Protection）的理念。即承认并重视人和生态系统以及生物多样性之间存在的必然联系，要求全面、综合地理解和对待生态系统和生物多样性及其各个组分、它们的自然特征、人类社会对它们的依赖，以及社会、经济、政治、文化因素对生态系统和生物多样性的影响。其次，这些公约在生物多样性的保育与持续利用、生物资源的获取与惠益分享等看似冲突的问题之间找到了联系的纽带，在保护目标上实现了动态的平衡。而这种保护方法，也更容易达到预期的目标和效果。最后，它们遵循了一种全球解决的思路，要求将地球上的生态系统和生物多样性作为一个整体来进行保护，而无论其政治边界如何；同时，各国都有义务为了全球利益而保护在本国境内的生物多样性。