儒、道、释三教作为中国传统文化的重要组成部分，作为离乡背井的华人的精神依托，随着华人的足迹远播印度尼西亚。

孔教在印度尼西亚有100多年的历史，可是在20世纪前，孔教还未有特别的组织，也没有形成一种运动。19世纪末期，孔子思想在中国也受到维新派的推崇，其中最著名的是康有为。1903年左右这种维新思想也传播到了东南亚。印度尼西亚的孔教发端更早，早在1900年，孔教已成为受西方教育的土生华人领袖改革运动的主要武器。第一个宣扬孔教的组织是于1900年成立的中华会馆。这个组织的宗旨，是在土生华人社会中推行儒家文化及改革传统社会^[1]。中华会馆利用孔子的学说，成功地改革当时具有浓重的土著及回教色彩的华人婚丧礼俗，也为华人创立了以孔子学说为中心的“华人宗教”（Agama Tjina）。

纵观20世纪前10年文化传播大事记，可以看出这10年间在中华会馆的推动下，大兴华人办学之风，正规华文教育也迅速得以开展。但中华会馆及其衍生组织中华总会主要推进的是华文教育，从其主导的文化活动可以明显看出这一工作重点。正因为中华会馆专于华文教育事务，而不专于发扬孔教，许多关心孔子学说的人士另起炉灶，于1918年创立了孔教会。随后各地孔教会纷纷成立。1922年印度尼西亚各地孔教会代表在日惹举行了第一次全国代表大会，成立了孔教总会（Khong Kauw Tjong Hwee），总部设在万隆。

孔教有了统一领导机构之后，在印度尼西亚获得空前的发展。孔教总会制定了宗教制度和仪式规范，出版儒家经典“四书”，使得孔教教义传播的深度与广度都大有增强。该组织在后来的发展中数易其名，1967年更名为印度尼西亚孔教总会（MATAKIN），在苏哈托全面禁绝中华文化的新秩序政权时期，仍然坚持定期举办信徒代表大会。(www.daowen.com)

佛教在印度尼西亚有着悠久的历史，16世纪伊斯兰教进入印度尼西亚后佛教逐渐式微，19世纪初随着中国、缅甸、斯里兰卡和泰国移民到来，佛教在印度尼西亚重新获得发展，并在华人聚居的主要城市，如雅加达、三宝垄、棉兰等地逐渐兴旺起来。20世纪50年代，世界佛教复兴运动也影响到印度尼西亚，1952年印度尼西亚成立了“三达摩会”，这是近世纪第一所佛教组织。苏哈托执政时期，中国大乘佛教系佛法也遭受严重打击，但英文系之南传佛教仍然广为流通，那时候英语成为佛教徒主要的弘法语言。从大事记中可以清楚看到，政治环境缓和以后，中国大乘佛教系佛法迅速恢复了生机。各种弘法活动和文化交流活动如火如荼地进行。据2000年非正式统计，全印度尼西亚大约有1000万佛教徒、佛寺2400多所。

道教在三教中信徒相对较少，但印度尼西亚还发展出儒、道、释三教合一的三教会，把孔教的虔诚、佛教的超凡及道教的养性结合起来加以倡导。

宗教的传播与发展也带动了宗教典籍和宗教场所的发展，20世纪翻译出版的儒家经典和各地新建或翻建的寺庙即是体现。