秦汉时期的军事领导体制是大一统中央集权背景下的产物，与当时政治上的高度中央集权一致，一切军事大权，诸如军队调动、作战指挥、部队管理、国防建设等，都高度集中在以皇帝为核心的中央朝廷的手中。

秦代军队征调的大权完全操控在专制独裁的皇帝手中，其他任何一级政府、官员或将领都无权擅自征调军队。凡是征发军队，必须执行玺、符、节三位一体的严格制度。战争和战略的决策只能由国君作出，对统兵将领的任命也是如此，即由国君临时作出选择来任命，将军一旦完成作战任务，便立即交出兵权，脱离部队。平时对军事事务的管理，则实行四级管理体制：在中央，由太尉协助皇帝主管全国的日常军政事务；在郡一级行政机构，由都尉管理日常军务；在县一级行政机构，由县尉负责处理日常军事工作；在乡一级行政机构，由游徼负责处理日常与军事、治安有关的事务。逐级负责，分层管理，最终听命于皇帝的指挥。在部队的统率上，实行分权制。军队在平时根据性质、任务、情况的不同，分别由各个不同的部门和不同的官员统率，这些部门和官员各自为政，相互制约，不发生横向隶属关系，以防止军权旁落于他人之手。以当时京师禁卫部队为例，其统率办法是一分为四：负责皇帝贴身护卫的郎官卫队，由郎中令统率；负责皇宫警卫的卫士部队，由卫尉统率；负责京师治安的卫戍部队，由中尉统率；屯驻京畿地区的战略机动部队，由皇帝派出的护军、监军使监护，其日常训练和管理则由各部校尉负责。郎中令、卫尉、中尉及护军、监军使等，都分别直接向皇帝负责，而不是受统于太尉或丞相。

汉承秦制，皇帝仍是最高军事统帅。太尉（汉武帝时改称大司马，东汉时期仍改回为太尉）虽是名义上的最高军事长官，但实际上只能处理日常的军事行政事务，并无发兵、领兵之权，调兵权完全握于皇帝之手，如无皇帝的符节，军队便不能征发或调动。一遇战事，皇帝往往临时任将出征，战事结束，将领则罢归入朝另供他职。汉代的军事领导机构及其职官同秦代相仿，也分作几个系统设置，互不统属，互相制约。负责中央最高军事行政的太尉（大司马），属于禁卫军系统的郎中令、卫尉、中尉和战时指挥系统的将军幕府及地方上的郡尉、县尉系统，都各自对皇帝负责，听从皇帝的统一指挥。这种分工合作、互相钳制的御军方式，可使“将无专兵，兵无常将”，对皇帝独揽军权、稳定政局，维系其独裁统治十分有利。(www.daowen.com)

为了进一步加强对军队的控制，秦汉时期的皇帝还推行军事行动监护制。秦代设有护军都尉，代表皇帝到军队执行监护任务。西汉也设有“监军御史”和“监北军使者”等职，专门负责对北军等主力部队的监护。东汉时期，更建立起较为完整的监军制度：对中央直辖部队常设监军吏员，如“北军中侯”“羽林左右监”“谒者”等等；向征战部队派遣使者随营监军；对地方部队实行督军制。通过监军，确保军权的绝对集中。秦汉时期高度集中军权的做法，基本上确立了中央集权专制体制下军事领导体制的规模与特色，这对后世军事领导体制的发展曾经产生过极其深远的影响，这也是秦汉时期兵学文化的一个鲜明的时代特色。