嘉定城的劫难，并没有因为李成栋的离开而结束，在李成栋离开后的三四天，侥幸逃脱的嘉定百姓又迅速返回城内聚集起来，两千多名回城的百姓在江东义士朱瑛的带领下，重新集结起来，在朱瑛的领导下，他们处死了归降清军的汉奸和清军委派的官吏。

李成栋得知朱瑛带领幸存者依然在坚守残破的嘉定城后，他又领军杀入城内，1645年7月26日清晨，李成栋趁城内百姓武装力量尚未准备好，再次杀进城内。汉奸浦嶂者（李成栋任命他为新县令）向李成栋献计：“若不剿绝，后必有变。”于是，清军开始第二次屠城，当时城内许多百姓尚在睡梦中，李成栋及部下个个都如魔鬼般越杀越亢奋，城内血流成河、积尸成丘。这次屠城，李成栋连外冈、葛隆二镇的百姓都没放过（就因这里的村民进行了抵抗），全被烧杀殆尽。此为嘉定第二屠。

不统一发型与服饰：非中国之从陛下也

本就小人之心的孙之獬，为报复朝堂因站队遭羞辱一事，他主动向多尔衮上书：“陛下平定中原，万事鼎新，而衣冠束发之制独存汉旧，此乃陛下从中国，非中国之从陛下也！”(www.daowen.com)

因顺治帝年幼，朝廷大权由摄政王多尔衮执掌，本就想显示自己征服中原的多尔衮，立即采纳了孙之獬的建议。据《东华录·顺治朝卷》记载，1645年6月，在平定江南地区后，多尔衮随即给南京的豫亲王多铎下旨：“命令各处文武军民，尽令剃发，傥有不从，以军法从事。” 此时起，强制执行的“剃发令”在全国范围内推行，多尔衮心中的“中国从陛下”之征服目的实现了。

自多尔衮下达剃发令，但凡清军所到之处，皆以10日为限，不从者斩。随处可见清兵领着剃头匠，挑着理发担子四处巡游在城镇乡村、大街小巷，担子上挂着“留头不留发、留发不留头”的标牌，士兵见一个抓一个，强行剃头，稍有反抗就地格杀。

清军的第二次屠城，也未能削弱民众的反抗意志。8月26日，原南明总兵吴之番率余部进入嘉定城猛攻清军，周边百姓纷纷加入作战城内清兵猝不及防被击败。