区分“事实上的因果关系”和“法律上的因果关系”是英美侵权法因果关系的基本分析模式。具体而言，在认定侵权行为法上的因果关系时，首先必须判断加害行为与损害结果之间是否存在事实上的因果关系，如果答案是否定的，则不成立侵权损害赔偿责任；若答案是肯定的，则进一步考察二者之间是否具有法律上的因果关系，只有加害行为成为损害法律上的原因时，加害人才对该损害承担赔偿责任。

在医疗纠纷的处理中，各种类型的鉴定（也可以称作司法鉴定，包括医疗事故技术鉴定和医疗损害过错司法鉴定），其目的都是去探求事实上的因果关系，而法院的判决则重点解决法律上的因果关系问题。但是，事实因果关系与法律因果关系又有着密切的联系，侵权责任的发生需要以存在事实层面上的因果关系为前提。因此，在司法实践中，法官常常以医疗损害鉴定作为认定事实因果关系的依据，从这一角度讲，医疗损害鉴定具有准司法的性质，鉴定人员拥有部分法官的职能。而正是这样的原因使得医疗损害鉴定成为风口浪尖上的工作，使得鉴定人员成为刀尖上的舞者，备受争议、屡受煎熬。

如前所述，在医疗损害纠纷的处理中，因果关系的分析常常需要分两步进行：第一步，探求事实因果关系，这一部分是需要司法鉴定加以佐证的；第二步，法律上因果关系的认定，这一部分与司法鉴定无关，两者并不相同。例如：在司法实践中，有鉴定意见认为某医疗过错在患者损害后果中占轻微责任，但法院依据知情同意权、举证责任等内容，判决医方承担90%的责任。应该说，在法律上认定的医方过错对患方不良后果所构成的原因，在司法鉴定中，从专业技术的角度讲，却未必成其为原因。

就事实上因果关系的有无，首先需要确定事实上原因的存在与否，一般要依据获得之证据加以诠释，在评判者（无论是鉴定人还是法官）就证据所显示的事实加以认识的过程中，都无法免除评判者个人知识能力的影响。而这种知识能力与其个人过去的经验、知识水平、技术能力密切相关。在判断过程中，每个人所作出的判断已经并非“事实”判断，而具有“评价”的意味。这是医疗损害司法鉴定或判决常常引发争议的原因之一。鉴于这种原因，应设定从事医疗损害鉴定人员的门槛（如具有高级司法鉴定人职称者），使得鉴定人员的业务判断能力（包括经验、知识水平、技术能力等）处于较高的层次，以减少个人技术能力因素对鉴定结果的影响。(www.daowen.com)

另外，在鉴定时，应该避免目的性判断。此点在医疗损害司法鉴定中，表现得尤为突出。比如说：目前整个社会都在认同一个事实：患方是弱者、是弱势群体，是需要保护的，因此，作为鉴定人，常常“希望”鉴定意见有利于患方，这对处理案件有利，也是大多数法官所希冀的，因为法官的职责之一是定分止争。同时，患方是个人，利益明确；医方是团体，财力相对充裕；鉴定机构和鉴定人员是第三方，出具的鉴定意见除追求事实之外，还要保证当事人“不闹”，而“不闹”的最好方式是“倾向（或偏袒）”。同时，有研究表明，80%的医疗问题是难以区分对与错的，这样的结果无疑会造成鉴定“倾向”于患方，鉴定对医疗行为评判得偏于严格，长此以往，将不利于整个医学的进步与发展，也不利于维护司法鉴定的权威与尊严。

当然，在鉴定中，事实上的因果关系链绵延不绝，如何判断？如何取舍？何者为轻？何者为重？达到什么样的幅度和程度才是合理的？常常困扰着鉴定人员。因果关系问题是一个哲学问题，即便在哲学界也未能很好地解决，因此，在技术鉴定领域要彻底解决这个问题是不现实的。同时，事实因果关系的确定除了受鉴定人知识技能、成本等方面的约束，还受条件的制约。比如：某死亡案件，死后未经尸检，但需要判断医疗过错与死亡后果的因果关系，确切地说，没有尸检，难以获悉真正的死因。鉴定人员仅能够通过病历资料的信息来推测死亡原因，这种推测常常是一种事后依经验法则而进行的推断，这里边包含鉴定人知识、技能、经验的因素，不同层次的鉴定人对同一事实会有共性的理解，也会有认识上的差异。应该说，事实因果关系是对技术鉴定的核心要求，也是技术鉴定的核心竞争力所在。

现实中，有时难以达到确定或否定“事实上因果联结”的目的，仅能得出倾向性意见。科学不讲完整的故事，鉴定人对于不能明确的部分以及内容，须学习法律上因果关系价值判断的规则，对待科学持有科学的态度，正确认识鉴定意见作为证据的特征，使得鉴定存有合理的弹性和缓和的余地，将过错推定/认定的“职权”交还给事实认定的守门人（法官）来决断。