构建语义出版的系统模型是实现语义出版系统落地的基础。从语义出版概念产生之初，研究者就十分关注其核心——语义出版系统模型。Anita de Waard[8]在关于语义出版的介绍性文章中提到了语义出版的发展路径，并提出了语义出版的层次体系。他认为语义出版的基础是经过语义增强后的实体，这些语义实体之间以三元组(triples)的形式互相连接，而在这些基础之上需要更加深入的理解科学文献语篇的结构及其构成，提供一种结构化的实体重组方式。Shotton[9]在有关论文评价研究中，将文章内容一项按照增强程度，分为无增强内容(no enhancement)、动态网页链接内容(active web links)、文本语义增强内容(semantic enrichment of the text)、实时内容(“Lively”content)、数据聚合内容(data fusions，“mash-ups”)等几种层次，显示了内容增强的层次差异。Stefan Gradmann[10]则在对文献(document)深入理解的基础上，指出传统出版到语义出版的过程，是一种由容器(container)到内容(content)再到情境(context)的转变，即是一种由传统的文献个体的链接，到文献内容的链接，最后到更细粒度的实体链接的发展。由此可见带有语义标注的实体是构建语义出版系统的根基。

在国内学者看来，语义出版物中的实体也就是长期以来所谓的“知识单元”或者“知识元”的具体表现形式。李楠、孙济庆[11]等人在论述语义出版技术体系时指出语义出版技术存在“特征描述—特征抽取—知识关联”三层架构，其中文献特征的定义和描述是基础，文献特征的抽取方法是关键。然而，应当看到语义出版系统的构建是一个系统工程，它不同于以往的科学交流系统。基于多粒度的实体构建的知识网络是一个全域关联、分布耦合的知识资源存储与利用系统，为了开发此类系统，我们需要更具整体性的系统认知和设计，为此王晓光[4]等人曾提出一个更为宏观的语义出版系统层次模型，将语义出版系统的架构分为了四层，分别为数据层(data)、业务层(business)、交互层(interaction)和用户层(user)，简称DBIU模型。语义出版系统的整体实现必须在每一层上都实现技术突破，并进行有机集成。(www.daowen.com)