1990年以来，随着大型学术出版商不断地并购，学术期刊的出版被几家大的出版商垄断。有研究通过数据分析30年来WOS上索引的4500万篇论文，发现在自然科学和人文社科领域，几个大型学术出版商在论文出版市场的份额一直在增加，而且在数字时代表现更甚。[64]垄断带来竞争机会的锐减，使得学术期刊价格大幅提高，而学术期刊的消费者图书馆则面临经费增长缓慢甚至削减的境况。这种矛盾导致学术交流出现危机。

基于这种背景，不少研究对目前数字学术出版的商业模式提出质疑。Larivière等学者将学术出版看做一个高固定成本和低变动成本的信息产品。对于数字期刊出版而言，固定成本包括论文的撰写、选择和评价，以及编辑、设计、市场推广和员工薪水等，但其中最为重要的两个——论文撰写和评议，却是学术界免费提供的。[65][66]“学者免费提供自己的工作成果，然后需要高价格去购买这些成果”，Biesta认为这缺乏公平。[67]从需求方角度而言，购买者和使用者的分离使得价格波动不会影响需求。学术界因此发起了一场名为“知识的代价”的运动，号召学术界不在Elsevier期刊上发表文章，不审阅其他研究人员投给这些刊物的稿件，也不参加该公司的任何编辑工作。Withey从理论和现实的角度，断言此商业模式已经不可持续。[68]

针对当前数字学术出版的问题，不少研究探索新的商业模式。有研究从打破垄断的角度，建议将期刊的功能分散。学术期刊应该成为学术出版创新路径的协调人，而不是所有功能集于一身的垄断者。[69]Priem总结数字学术期刊具有存储、出版、标识(identity)、加工、搜索、营销和评估的功能，他提出如何利用现有的网络服务将这些功能进行重构(refactoring)。该研究认为这种变革的好处在于“有可行性、能带来根本性的变革，可以给创新者带来更多机会”。[70]

也有研究提出更为微观的解决方法。Withey、Beverungen等提出使用网络版免费、印刷版收费的模式，OA方法、公平交易(对学者的论文和评议工作进行经济补偿)，能促进大学出版社发展的学术出版，以及由学术组织自我管理学术期刊等4种方式，来改善当前的学术期刊出版商业环境。[71][72]也有研究建议更为灵活的付费方式，如进行“小额购买”(little deal)的付费模式，即按照观看次数付费；或者分级定价模式(tiered pricing)，即根据机构规模、上一年的使用情况来付费。[73](www.daowen.com)

而互联网商业模式的发展也给学术出版商提供了新思路，如免费增值(freemium)的商业模式：用户自由地生产内容、公司平等地来传播这些内容，但是对一些围绕该内容的服务进行收费。这个系统所提供的价值是与内容交互的方式，而不是内容本身。[74]

对于新的商业模式应该有的特征，有研究总结为：必须将之视为学术交流的一个部分、积极面对多种格式、与其他商业模式有良好的合作、合理的价格、有可持续的资本回报、对改变具有灵活性、对其效果可测量。[75]