计算“扣除项目金额”时，首先应将会计核算的“开发成本”拆分为“取得土地使用权所支付的金额”和“房地产开发成本”。按照《土地增值税暂行条例》及其实施细则的规定，计算扣除项目金额。

（1）取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按统一规定缴纳的有关费用。

根据《契税暂行条例》的规定，在我国境内转移土地、房屋权属，承受的单位和个人为契税的纳税人，应当依照条例的规定缴纳契税。房地产企业为取得土地使用权缴纳的契税，可否计入取得土地使用权所支付的金额，征纳双方一直在争论。

《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）规定，房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同“按国家统一规定缴纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。

需要说明的是，在土地增值税清算时有两项加计扣除额：一是房地产开发费用按照建造成本的10%加计扣除；二是财政部规定的其他扣除项目按照建造成本的20%加计扣除。契税计入“取得土地使用权所支付的金额”后是否只是扣除契税本身，还是执行加计扣除30%的规定，答案是肯定的，契税计入“取得土地使用权所支付的金额”后，允许加计扣除30%。

国税函〔2010〕220号文件还规定：“房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。”

应当指出的是，《土地增值税暂行条例》及其实施细则，以及后来的有关土地增值税征收的文件，虽然强调了土地增值税清算时房地产开发成本的核算，但是在房地产开发成本的核算内容和核算方法方面的规定并不十分清楚。国家税务总局2009年3月6日印发的《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发〔2009〕31号）第四章“计税成本的核算”，对开发产品的分类方法、成本核算包括的范围、按不同类型房地产分别计算成本的方法做出了明确的规定，可以说这个文件中关于成本核算的规定是空前的、是指导性的，切合房地产企业成本核算的实际情况，被认为是房地产开发企业税收征管的纲领性的文件，《土地增值税清算管理规程》也依附于该文件。可是，两个文件的目的不一样，有所差别是难免的。在国税发〔2009〕31号文件中是把土地闲置费计入土地征用及拆迁补偿费，国税函〔2010〕220号文件明确规定“土地闲置费不得扣除”。这既体现了两个税种在成本核算上的一致性，又体现了两者的差别，应当正确理解和执行。

（2）房地产开发成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本（以下简称房地产开发成本）包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。每个成本项目所核算的内容与31号文件规定基本相同，只是经过十几年的变迁，31号文件规定得更详细，更明确，更便于执行。前面已经述及，此处不再重复。

《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》（2016年第70号公告）第五条“关于营改增后建筑安装工程费支出的发票确认问题”进一步规定，营改增后，自2016年11月10日起，土地增值税纳税人接受建筑安装服务取得的增值税发票，应按照《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》（国家税务总局2016年第23号公告）规定，在发票的备注栏注明建筑服务发生地县（市、区）名称及项目名称，否则不得计入土地增值税扣除项目金额。

《土地增值税暂行条例》及其实施细则因当时的客观因素，对因建造开发产品而发生的借款费用计入“房地产开发费用”，采取按比例扣除的方法。但是，根据国家税务总局的规定，自2000年1月1日起，房地产企业在房地产开发过程中发生的借款费用，已作为资本性支出计入开发成本。借款费用再按比例扣除显然重复计算了。因此，国税函〔2010〕220号文件规定：“土地增值税清算时，已经计入房地产开发成本的利息支出，应调整至财务费用中计算扣除。”

（3）房地产开发费用，是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。

财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本之和的5%以内计算扣除。

凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本计算的金额之和的10%以内计算扣除。

对上述文件进行理解时应当把握以下几点：

1）不含利息的其他房地产开发费用，按5%扣除。

2）利息支出扣除分三种情况：①不能取得金融机构借款证明的，按5%扣除；②能取得金融机构借款证明利息支出小于5%的，按5%扣除；③能取得金融机构借款证明利息支出大于5%的，据实扣除。从而保证房地产开发费用扣除额不小于10%。

每个税种的征收都依附一定的会计核算方法，土地增值税的征收依附于“制造成本法”，取得土地使用权所支付的金额和房地产开发成本之和类似于制造成本，但是，房地产开发不能说是制造，可称其为“建造”，于是房地产开发费用“按照建造成本的10%扣除”。

（4）财政部规定的其他扣除项目，是指从事房地产开发的纳税人可按照“取得土地使用权所支付的金额”和“房地产开发成本之和”加计20%的扣除。也可以说财政部规定的其他扣除项目按照“建造成本的20%扣除”。

但是，房地产开发费用和财政部规定的其他扣除项目在扣除时应当注意两点：①只有房地产开发企业可以加计扣除，其他任何单位个人不得加计扣除；②房地产开发企业取得开发项目，必须进行实质性开发才可以加计扣除，否则，不得加计扣除。

（5）与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税。因转让房地产缴纳的教育费附加，也可以视同税金予以扣除。

1）营改增前，已售的房地产，土地增值税清算时允许扣除营业税、城市维护建设税和教育费附加。(www.daowen.com)

2）营改增后，销售的房地产，由于增值税属于价外税，计算土地增值税增值额的扣除项目中“与转让房地产有关的税金”只包括城建税、教育费附加，不包括增值税。

3）营改增后，房地产开发企业实际缴纳的城建税、教育费附加，凡能够按清算项目准确计算的，允许据实扣除。凡不能按清算项目准确计算的，则按该清算项目预交增值税时实际缴纳的城建税、教育费附加扣除。

4）其他转让房地产行为的城建税、教育费附加扣除比照上述规定执行。

5）地方教育费附加在计算土地增值税时不得扣除。

根据上述规定，对于跨营改增前后的开发项目，土地增值税清算时“与转让房地产有关的税金”按下列公式计算：

与转让房地产有关的税金=营改增前实际缴纳的营业税、城建税、教育费附加+营改增后允许扣除的城建税、教育费附加

（6）旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。

《财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）规定：“纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，取得土地使用权所支付的金额、新建房及配套设施的成本、费用，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止，每年加计5%计算。”

营改增后，纳税人转让旧房及建筑物，凡能提供购房发票的，按照下列方法计算扣除：

1）提供的购房凭据为营改增前取得的营业税发票的，按照发票所载金额（不扣减营业税）并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。

2）提供的购房凭据为营改增后取得的增值税普通发票的，按照发票所载价税合计金额从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。

3）提供的购房发票为营改增后取得的增值税专用发票的，按照发票所载不含增值税金额加上不允许抵扣的增值税进项税额之和（与15号公告衔接），并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。

综上所述，营改增之后扣除项目的计算公式如下：

1）开发项目的利息支出不能够提供金融机构证明的：

扣除项目金额=（建造成本-已计入开发成本的借款利息）×1.3+与转让房地产有关的税金=1.3×不含息建造成本+税金及附加

此公式适用于金融机构利息支出≤5%建造成本的情况，称为比例扣除法。

2）开发项目的利息支出能够提供金融机构证明的：

扣除项目金额=1.25×不含息建造成本+实际支付的利息+税金及附加

此公式适用于金融机构利息支出>5%建造成本的情况，称为据实扣除法。