1988—2005年，广西社会组织的财务管理机构，在登记管理机关和业务主管单位的指导下，由社会组织的负责人直接领导。根据社会组织的实际情况，设有专职或兼职的财会人员。根据《社会团体登记管理条例》《民办非企业单位登记管理暂行条例》《基金会管理条例》的规定，社会组织的财务活动必须执行国家规定的财务管理制度，接受财政和审计部门的监督。广西社会组织首先执行的是《中华人民共和国会计法》等国家有关法律、法规和财务规章制度，其次执行的是1996年财政部发布的《事业单位财务规则》。2004年，财政部发布《民间非营利组织会计制度》，广西各社会组织从2005年1月1日起开始执行《民间非营利组织会计制度》。

1988—2005年，广西出台一系列社会组织财务管理的文件：自治区民政厅、自治区物价局、自治区财政厅《关于社会团体登记管理收费标准的通知》，自治区民政厅、自治区财政厅转发民政部、财政部《关于社团收取会费的通知》，自治区财政厅、自治区民政厅《关于明确社会团体专用收款收据使用范围等问题的通知》，关于转发民政部办公厅《转发财政部〈关于对明确民办非企业单位财务管理制度等问题的函〉的通知》的通知，自治区民政厅、自治区财政厅《关于调整社会团体会费政策和社会团体使用票据有关问题的通知》。这些财务管理政策涉及社会组织登记收费、会费收取、票据使用、执行财务管理制度等方面，通过规范化管理，使广西社会组织财务管理工作逐步走上法制化、规范化轨道。(www.daowen.com)

2005年3月，针对社会组织审计工作存在的问题，自治区民政厅通过广西注册会计师协会召集30多家会计师事务所开会，对社会组织的审计内容、范围和审计报告格式提出明确要求，并开列审计清单。会后，注册会计师协会向全自治区会计师事务所下发《关于做好我区社会组织年度财务收支审核工作的指导意见》，从而规范社会组织的审计工作。