从1995年开始，根据国务院《社会团体登记管理条例》《民办非企业单位登记管理暂行条例》《基金会管理条例》和民政部《社会团体年度检查暂行办法》《民办非企业单位年度检查办法》和《基金会年度检查办法》的规定，广西各级民政部门对已登记的社团、民办非企业单位、基金会每年实施年度检查。

1995—1996年，全自治区社会团体参加年检率分别为88.5%、96.2%。1997—1999年，由于对社团进行清理整顿，年检没有进行。

为进一步加强对社团的管理，从2001年3月起广西恢复对社团的年检。2001年度，全自治区应参加年度检查的社团2785个，已参加年检2633个，占应参加年检的94.5%，年检合格2490个，合格率94.6%，不合格64个，占2.4%，限期整改31个，占1.2%。全自治区应参加年度检查的民办非企业单位有1991家，参加年检1941家，占应参加年检的97.5%，年检合格1886家，合格率97.2%，限期整改8家，占0.4%。注销47家，占2.4%。

2001年后，广西各级民政部门转变工作作风，积极探索和改进年度检查工作方法；依法行政，严格把好年度检查质量关；加强与业务主管单位的沟通和协调，各年度的年检工作顺利完成。广西的社会组织年度检查工作基本形成制度，走上规范化的轨道。(www.daowen.com)

2002年，全自治区应参加年度检查的社团2888个，已参加年检2798个，参检率97%，合格2771个，合格率99%。全自治区应参加年度检查的民办非企业单位2296家，已参检2220家，参检率96.7%，合格2204家，合格率99.3%。

2005年度，全自治区应参加年度检查的社团3986个，已参加年度检查社团3729个，参检率93.6%，年检合格3597个，合格率96.5%；全自治区应参加年度检查的民办非企业单位2852个，已参检民办非企业单位2572个，参检率90.2%，年检合格2459个，合格率95.6%；应参加年度检查的基金会9个，年检合格9个，参检率100%，合格率100%。