1988—2005年，广西各级民政部门依据《社会团体登记管理条例》《民办非企业单位登记管理暂行条例》《基金会管理条例》和有关政策法规，在职权范围内依法对社会组织及其活动进行监察和督促，并对违法社会组织实施处罚，维护广西的社会稳定，促进社会组织的健康发展。

1993年开始，根据国务院《社会团体登记管理条例》《基金会管理办法》的有关规定，对违反《社会团体登记管理条例》及违背章程宗旨，危害国家和人民利益，在社会上造成不良影响的“广西桂西基金会”给予撤销登记的处罚。

1996年，对法人代表违法违纪，招摇撞骗的“广西南方福利国际金融联合总会”予以撤销登记的处罚。

1999年7月22日，按照中央统一部署开展取缔“法轮功”邪教组织。广西各级社会组织登记管理机关积极参与取缔“法轮功”邪教组织的斗争，深入了解“法轮功”组织在广西的分布情况，各辅导站的骨干和练功点以及人数等基本情况，为有关部门提供准确资料；做好“法轮功”骨干思想转化工作；及时将情况上传下达；收缴“法轮功”书籍、音像制品和各种宣传材料等物品，有力地打击“法轮功”邪教组织在广西的活动。同时，还对长期在南宁市非法行医的“廖氏热气功”及影响较坏的“少林太极神功分会”“超越天地功”“天元璇极功”和“人宇特能功”等非法组织依法进行查处；对一些未经登记就在报刊上公开报道或在社会上公开活动的非法组织做出妥善处理，责令解散并停止活动；对“广西国际国内公共关系协会”等5个违法违纪社团予以撤销登记的处罚。是年，广西先后查处非法组织15个，违法社团25个；自治区级社团限期整改147个，注销28个，撤销3个；地（市）、县级社团限期整改950个，注销1114个，撤销29个。

2002年，广西各级社会组织登记管理机关对18个社会团体、1个民办非企业单位给予撤销登记处罚；同时还依法取缔14个非法社团组织和3个非法民办非企业单位。(www.daowen.com)

2003年，广西各级社会组织登记管理机关对3个社会团体、8家民办非企业单位给予撤销登记处罚，并指导原南宁地区、柳州市配合“610办公室”和公安机关及时查处、取缔有害气功练习点。

2004年，广西各级社会组织登记管理机关共查处社会组织违法行为12起，取缔非法社会组织3个。自治区民政厅社会组织管理处先后协助自治区工商行政管理局、自治区体育局、南宁市公安局等部门对广西华联武术学校虚假招生广告进行查处，对南宁市私营企业协会收费问题进行纠正，对一起非法组织举办气功培训班案件进行调查处理等。

2005年，广西各级社会组织登记管理机关，先后发出3个有关查处非法社会组织的通知，查办27起社会组织的违法违纪案件。