1988—2005年，广西村民委员会选举经历民主程度逐步提高、运作程序逐步规范的过程。这一过程逐步实现由间接选举到直接选举，由等额选举到差额选举，由上级组织提名候选人到村民直接提名候选人，由举手、鼓掌选举到一人一票、秘密划票、公开唱票选举的转变。

1999年以前，村民委员选举一直存在直接选举和间接选举两种方式，以间接选举的多。一般主要由户代表或村民推举的村民代表参加投票选举，候选人大多由乡镇党政村组党组织和原村委会议定，等额投票选举主任、副主任、委员。选举的具体办法和程序也没有统一规范。

1990年，广西结合县乡人大换届选举，统一组织村委会换届选举，共选出村民委员会成员24.6万多人。1996年，在完成撤销村公所改设村民委员会工作后，广西依照《中华人民共和国村民委员会组织法（试行）》，在全自治区范围内进行第一届村民委员会换届选举，部分村由村民“一人一票”直接选举产生村民委员会成员。1999年，广西进行第二届村民委员会换届选举，全部采取直接选举的办法选举产生村民委员会成员，全自治区14812个村委会完成换届选举，占99.9%，共选出村民委员会主任14812人、副主任19255人、委员37030人。不少外出的村民不辞辛劳赶回家乡参加投票选举，选民参选率达95.1%。

2001年12月，自治区人大常委会通过《广西壮族自治区实施〈中华人民共和国村民委员会组织法〉办法》，把直接选举作为村委会成员选举的唯一方式，对村民代表、村民小组长的直接差额投票选举予以明确规定。(www.daowen.com)

2002年，自治区人民检察院下发《关于在全区村民委员会换届选举中加强查办渎职侵权犯罪案件的通知》，强化换届选举依法引导和执法力度。同年，广西依规进行第三届村民委员会换届选举。全自治区贯彻《广西壮族自治区实施〈中华人民共和国村民委员会组织法〉办法》，首次对村民小组长、村民代表、村委会成员全部实行直接、差额投票选举。这次换届选举，自治区采取全员培训方式，分地市轮训所有参与组织换届选举的骨干，并全程指导规范全自治区的村委会换届选举。全自治区14444个村委会有97%选民参加投票选举，一次性选出新的村委会全体成员，共选举产生村委会主任14402人，副主任17260人，委员37611人。与1980年初第一批自发创建村委会的选举相比较，2002年起的换届选举，实现从无法可依到依法规范；从未专设选举机构，到依法推选产生村民选举委员会全程主持选举；从仅由户代表参加投票选举，到依法进行选民登记后由全体选民参选；从选举之前没有划分村民小组并选举小组长和村民代表，到依法在选民登记结束后、提名初步候选人之前，进行村民小组长和村民代表的直接差额投票选举；从选举提名候选人由议定产生，到由选民直接提名初步候选人再召开村民代表会议投票预选正式候选人；从选举不分具体职数，以得票从多到少依次确定主任、副主任、委员，到按主任、副主任、委员分别差额投票选举；从召开户代表会议来投票选举村民委员会成员，到召开全体选民选举大会来投票选举；从没有规范投票选举的程序，到投票选举会场依法依规设立全封闭的投票通道，确保选民行使秘密的无记名投票选举权。此外，2002年后的村委会选举一般都组织候选人进行竞选演说，允许选民当场提出质询，这也是首届选举所没有的。

2002年，灵山县三海镇三多村村民委员会主任候选人发表竞选演说的现场

2005年，广西完成第三届村委会换届选举，参加选举的选民有2728多万，参选率达97.9%。全自治区14359个村委会共选出村委会主任、副主任34064人，委员37508人。