日本公正交易委员会在行政上隶属于首相，是内阁之外的政府行政机关，具有较强的独立性和权威性。并购反垄断审查实行事前申报制度，公平交易委员会在判断企业并购并不违法之后再认可该项并购。这既有利于减少被规制企业的市场风险，同时也有利于整体国民经济的健康持续发展。

日本并购反垄断审查制度注重对并购当事人程序性抗辩权利的保障。公正交易委员会依法应当严格保证对事业者适用合法程序以及严格保障事业者的防御权。^[58]例如，根据日本《禁止私人垄断及确保公平交易法》（2005年）第43条第3款规定，若公平交易委员会拟作出一个排除措施命令，其应当事先给将成为前述命令的被送达人一个机会，以陈述其观点并为此提交相关证据。^[59]该款规定主要强调应保障当事人抗辩权利的行使。

并购当事人答辩权利及程序的保障也非常重要。日本《禁止私人垄断及确保公平交易法》（2005年）第59条第1款规定了被审人的答辩权：在审判中，被审人或其代理人可以陈述为何原行政措施或者由公平交易委员会依照第8条之四的第1款规定在本案中命令采取的措施是不公正的；可以提交支持其理由的相关证据；可以要求公平交易委员会询问必要的证人，要求专家证人作证，要求会计账簿、文件及其他物品的持有者提交上述物品，或进入必要的地点并检查商业和财产、会计账簿及其他事物的情况，或者委托调查；可以询问公平交易委员会要求参加审判的证人或专家证人；可以询问这些受委托人执行调查行为的情况。^[60]

日本《禁止私人垄断及确保公平交易法》（2005年）修改了缴课征金制度，引入了宽恕制度，引入了在刑事调查中采取强制措施制度和修改了听证制度。在瞬息万变和日益全球化的经济中，迅速有效地处理案件，快速恢复竞争秩序十分必要。日本《禁止私人垄断及确保公平交易法》删除了劝告程序，执法机关不再必须先对企业提出劝告，然后才能决定采取行政措施；公正交易委员会在提供给被处理人提交其意见的初步机会之后，就可以直接做出消除违法行为的命令。^[61](www.daowen.com)

2009年6月3日，日本通过《平成21年禁止垄断法修正案》，在企业结合中引入了关于取得股份的事前申报制度；规定取得股份的公司或公司集团如果取得了股票发行公司20%至50%以上的议决权，那么就应该向公正交易委员会申报。^[62]

日本公平交易委员会实施并购反垄断审查具有准司法性，严格依照行政审判的程序进行，能够保障并购当事人程序性和实体性抗辩权利的充分行使，保证行政裁决的公开、公平、公正。例如，日本《禁止私人垄断及确保公平交易法》第八章第2节详细规定了公正交易委员会行政审判的程序：审判由审判官主持，被审人、审查官、参考人、鉴定人都参与程序；被审人在审前应提交答辩书，审判时有提出证据、申辩、质证的权利，特殊情形下可以直接向委员会陈述意见。公平交易委员会的审决种类包括：劝告审决、同意审决和审判审决。其中劝告审决与同意审决，体现了现代行政执法的指导性和协商性特征，有利于减少执法成本，提高执法效率。

日本公平交易委员会的行政裁决，依法应接受法院的司法审查。并购当事人等相关主体对日本公平交易委员会的审决不服的，有权向东京高等法院提起诉讼，要求撤销日本公平交易委员会的裁决。^[63]