1648年，内战战火重燃。苏格兰人以查理的名义攻入英格兰，后者则承认了长老会的地位。此外，保王派还在各地煽动起义，尤其是在肯特郡和南威尔士。不过这些起义都被镇压，苏格兰军也在普雷斯顿被击败。奥利弗·克伦威尔在领导军队取得胜利后，对议会进行了清洗，以阻止其与国王谈判（即“普莱德清洗”）。查理随即受审，并在1649年1月以叛国罪被处决。英格兰历史上唯一一次被宣布成为共和制国家。王室的盾徽和其他象征物遭到拆除，雕像被毁。查理的儿子，后来即位成为查理二世的查理，以及他的弟弟约克公爵詹姆斯（即后来的詹姆斯二世及七世），被迫流亡国外。共和革命鼓励了人们对政府新目的及执政方法的想象，也推动了政府的实际创新。

克伦威尔马不停蹄，先是征服了爱尔兰，随后又剑指苏格兰。1649年处死查理，进一步确立了新政权的激进主义风格，与1646年战事结束后没有立即遣散部队异曲同工。

然而，这种激进主义仍是专制的，并没有朝人们期待的宗教或政治自由方向发展。因此，1647年兴起的“平等派运动”（Levellers’ movement）被克伦威尔镇压。这一运动致力于实行男性普选，但克伦威尔对民主并无兴趣。

继承“平等派”衣钵的是“真正平等派”（True Levellers），又称“掘地派”。他们认为私有财产是“人类堕落”（即亚当和夏娃被逐出伊甸园）的后果，要求人们享有共同财产的权利。1649年，掘地派试图在萨里的圣乔治山挖掘公共财产，遭到军队和愤怒的当地群众驱逐，同样的剧情随后在科巴姆(Cobham)又再次上演。掘地派的领袖是杰拉德·温斯坦利，此人的经历表明了这一时期英国社会的流动性。他出生于威根（Wigan），曾在伦敦做过学徒，后来由于经营上的失败，他又到了萨里，成了一名养牛工。

在邓巴（1650年）和伍斯特（1651年）接连取得对苏格兰军队的决定性胜利后，克伦威尔首次实现了对苏格兰的征服。苏格兰在政治上不再与英格兰平起平坐，议会和行政会议都遭到废除。苏格兰贵族的权力被削弱，一系列措施在苏格兰落实，确保英格兰法律得到施行。1654年，苏格兰和英格兰、爱尔兰和威尔士一起，由克伦威尔及其委员会提名议员，参加议会。(www.daowen.com)

克伦威尔在1653年夺取政权，他解散了“残缺议会”（Rump Parliament，由1648年12月大清洗后剩下的议员组成），就任护国公，并在1657年确立世袭地位，其仪式包含先前英格兰君主制的大部分程序。然而，克伦威尔建立的是一个军事政权，其不容异见的造神面目逐渐显露：强调敬畏，而非容忍。他发觉自己无法找到一个可以满足他的议会。

1655年，主要是为了应对保王派起义（这说明拥有王位继承可能的查理二世此时获得了相当大的支持），地方权力被移交到将军们手中，克伦威尔指示他们保障地方稳定，建立一个清教徒的、虔诚的、高效的国家。这些显然都是不受民众欢迎的目标。民众对充满压迫性的清教主义的敌意，跟对这个非法的、激进的、咄咄逼人的政府的不满融合在一起，而为了进一步推行改革和虔诚，清教主义者还对被认为是迷信或亵渎的流行仪式进行管制，包括圣诞节，以及围着五朔节花柱跳舞。1656年允许犹太人在英国定居的做法也饱受诟病，而把将军作为地方代理人，更使得本就脆弱的政府合法性遭到进一步破坏。无论如何，这个政府都因其起源于共和性质的弑君而很难服众。

克伦威尔于1685年去世，他的儿子理查继承了护国公之位，但无力驾驭，亦不受军队欢迎，于是在次年5月便丧失了权力。由此引发了一连串政治危机，从军队内部的分裂，到重新召开“残缺议会”，但最终未果。共和国变得羸弱而动荡，但查理二世的复辟尚未成为定局。实际上，乔治·布斯（George Booth）在1659年8月对“残缺议会”发起的叛乱就被挫败了。有人支持共和制继续下去，但这种支持是分裂的。动荡最终随着复辟的到来而解决：驻苏格兰的军队指挥官乔治·蒙克（George Monck）挥师南下，占领伦敦，恢复秩序，并重建了一个温和的议会，而这个议会则召回了查理二世（1660—1685年在位）。