《龙门飞甲》是《新龙门客栈》的续集，以明宪宗年间宦官弄权、滥杀贤臣为时代背景，讲述的是龙门客栈被烧毁三年后的故事。风骚的老板娘金镶玉早已失踪，逃过火劫的伙计重起炉灶，痴等老板娘回来。西厂督主雨化田得万贵妃宠爱，专门为她除去怀有龙胎的嫔妃，为追杀因怀了龙胎逃到宫外的嫔妃素慧容、抗击朝廷的赵怀安而来到龙门客栈。素慧容（其实是大内密探，还是卧底）被追捕时幸为假称赵怀安的凌雁秋所救。同时，侠客赵怀安诛杀东厂督主万喻楼，营救忠良。西厂督主雨化田震怒，祭出天下格杀令。西厂密探、鞑靼商队等江湖人马再度相逢，几乎被世人遗忘的边关龙门客栈，再次因缘际会、风起云涌。

赵怀安决定先下手为强，没想到刺杀雨化田时反而损兵折将。雨化田手下高手谭鲁子，追杀素慧容至龙门客栈。客栈内，官兵与一批鞑靼人发生冲突。双方将火并之际，神秘侠客顾少棠和相貌酷似雨化田的胡中玉闯入客栈。胡中玉见西厂一众对自己颇为忌惮，就装模作样地跟谭鲁子套底。谭鲁子等对他半信半疑，派属下赵通前往雨化田处打探消息。(www.daowen.com)

原来，客栈伙计都是假冒的，乃是顾少棠率领的惯匪，此次与专门买卖江湖消息的胡中玉合作，寻找西夏皇宫宝藏。相传“龙门”是三百年前西夏皇宫神秘失踪地点，后来被风沙埋没；而每一甲子年必有一场巨大的沙尘暴，风沙过后，皇宫大门会破沙而出。金镶玉当年就是为了宝藏而在此建龙门客栈，但据说古城进去容易出去难，所以他们找来鞑靼公主布鲁嘟合作，靠她的一张宝藏“出路图”指引路径。于是，众人在黄金满地、白骨丛生的宝藏密室，展开了一场惊天动地的生死大战。