由于在政策与预算之间建立联系存在固有的弱点，年度预算在实践中引发出很多问题。其中，近年来特别突出的问题是收入驱动和对“预算超收”（实际收入超过预算收入的差额）的草率处理。这一问题由于有缺陷的年度平衡约束（包括没有相互独立的收入约束和支出约束基准相匹配）而显得越发严重。

20世纪中期以来，在预算规模迅速崛起的背景下，年度预算的上述局限性更加突出。从1993年到2008年，中国五级政府的预算规模从3000余亿元增加到60000余亿元（预算数），增长了大约20倍，仅2007年预算收入就比上年增加12544亿元。大额预算增量主要在下半年形成。不难理解，要在短短几个月的时间里完成细致的政策筹划，并以此为基础确保这笔巨额增量资金的配置准确反映政策重点和战略优先性，几乎是一项不可能很好完成的任务。

浪费性的支出行为在很大程度上受到年度预算框架下的平衡要求推动。现行《预算法》并未界定年度平衡约束中究竟是“谁跟谁平衡”。结果，一些地方政府利用这一漏洞，将资产销售（比如土地出让或拍卖）列入“经常性收入”中。资产销售收入与税收收入在性质上完全不同，因此应该单独列示并且不容许与“支出”进行平衡。对于个人而言，精明的理财行为要求在收入高增长的情况下，特别是在有浮财（意外之财）的情况下，将“非经常性收入”（对于多数人而言主要是工薪收入）储备起来，而不是为维持当年或当月的“收支平衡”把这些钱花掉。没有任何理由说明，个人的精明理财行为对于政府而言变为荒唐的事情。事实上，我们经常谈到使用财政政策来“稳定”宏观经济，这里的通用规则就是逆周期：在预期宏观经济前景过热（伴随高增长和高通货膨胀预期）的情况下，应紧缩开支；只是在预期经济萧条或衰退的情况下，才扩张开支。这是典型的凯恩斯规则。然而，这个规则经常被违背。在这种情况下，又如何让财政政策运行在“逆周期”的凯恩斯规则上呢？(www.daowen.com)

对于各级政府而言，精明的理财行为不是花钱越多越好，而是依据国家战略和政府政策，该花就花、该多花就多花、该少花就少花、该不花就不花。在政策驱动型预算中，即使有大把的收入，但只要缺乏严谨清晰的政策筹划，这些钱就不能在当年花掉，必须以预算稳定（储备基金）的形式，在未来年度存在严格的政策（目标与优先性）筹划的前提下，才考虑开支出去。一般地讲，由于在年度预算框架内时间过于短促，完成这样的政策筹划是十分困难的。这就客观上要求引入中期基础预算，以更长远的时间框架来筹划政府开支、收入、赤字和债务总量；为了使中期基础预算体制更有效，一个必要条件就是对年度平衡原则进行修订，尤其是需要建立与之匹配的彼此独立的收入、支出、赤字和债务约束基准，并建立适当的制度安排和机制。