京师内城、皇家苑囿及京畿区域内的各旗、营所发案件不属顺天府管辖，而由步军统领衙门负责。步军统领衙门，又称“九门提督”、“步军营”、“巡捕五营”，全称为“提督九门步军巡捕五营统领”。衙署在地安门外帽儿胡同，世宗宪皇帝（雍正）御书堂额，曰“风清辇毂”。仁宗睿皇帝（嘉庆）御制“步军统领衙门”亦箴悬堂内。按步军旧制，只设三营。乾隆四十六年诏于京师设南北左右四营，圆明园旧为南营，是年改为中营，共五营，各有分署。由于历史原因，步军统领衙门兼具军、警、司多重属性，除掌京城守卫、稽查、门禁、巡夜、发信号炮等职事外，还负责侦缉捕查、诉讼及断狱，并兼及对京城人口管理、消防等任务。清末，步军统领衙门甚至还负责来京外国人的查验及管理工作。从案件管辖的角度看，对内城属于地域管辖，对旗营案犯则属于专门管辖，即针对“八旗、三营拿获违禁、犯法、奸匪、逃盗一应案件，审理轻罪，步军统领衙门自行完结，徒罪以上，录供送刑部定拟”。^[24]关于步军统领衙门与五城御史的管辖，论述者颇多，但多有模糊之嫌。有的学者认为，步军统领衙门与五城御史对内外城皆有管辖权，对案件的审理并没有严格的划分。那思陆认为：“清初，旗人居住内城，民人居住外城，内城之治安及司法主要由步军统领负责；外城之治安及司法主要由五城察院负责。康熙中期以后，旗民居住混杂，此种区分渐次泯灭，两衙门之土地管辖竞合，于内城与外城均有管辖权。五城察院为文职机关，其管辖之对象兼及民人及旗人。步军统领衙门为武职机关，其管辖之对象亦兼及民人及旗人。”^[25]不过，五城御史与步军统领衙门在管辖上还是有所侧重的，《清史稿·刑法志三》：“京师笞、杖及无关罪名词讼，内城由步军统领，外城由五城巡城御史完结，徒以上送部，重则奏交。”《清史稿》所述是符合京城管辖制度的。

清朝入主京师以后，步军统领衙门专辖内城之防务兼及案件纠纷。从管辖的角度看，因步军统领衙门的性质，其管辖范围除内城外，以案犯身份为依据，八旗、三营属员犯案亦由步军统领衙门管辖。因各旗、营往往与民杂处，旗、营所占土田又与平民纠葛不清，为保护八旗子弟利益，八旗争控地亩案件亦专属步军统领衙门管辖，“在京八旗人等控告地亩，均应赴部旗或步军统领衙门呈明办理，原以旗人非州县管辖，查验档契，地方官呼应不灵，定例本为周密”^[26]，但是顺直地方官多违例详部，因此道光帝谕令旗人争控地亩，“不得赴地方官衙门控告，地方官亦毋许率准违例详部，以省拖累。”^[27]

旗人田亩的最终审断权归属户部。从道光九年十一月初八日，户部尚书禧恩为请将咆哮旗妇管束事奏折看，涉旗人地亩案终审权仍归户部，该折称：

太子少保、御前大臣、户部尚书臣宗室禧恩等谨奏：为旗妇在部咆哮公堂，辱骂问官，请旨交旗管束以儆刁顽事窃。道光捌年肆月，准步军统领衙门送到正白旗蒙古已故马甲德勒炳阿之妻金卜氏喊告辛七等霸地欠租等情一案。查金卜氏在步军统领衙门供称：“有独石口外喜峰砦地两段，计叁顷贰拾亩交与彼处民人刘生隆、刘本善、刘本立分种，立有租地对牌。道光叁年间，我街坊希隆阿说他素好的赓音太有独石口外地亩叫我将地讬赓音太转卖，我随将租地对牌六张，租字一张交与希隆阿转交赓音太拏去对地卖钱。肆年间，赓音太叫这辛七来京说我的地已被彼处佃户占去。我不依，向辛七要地，辛七陆续给过我租钱拾玖吊陆百文。去年叁月，我因希隆阿没有交还对牌，又未将地卖去，我赴官厅喊告。官人将辛七、希隆阿解送”的等语。臣等以定例在京八旗妇女在部呈控地亩案件，责令本家成丁子姪、兄弟或母家至戚出名抱告代审。今该氏自行赴部投审实属违例，当经行知该旗传到该氏明白晓谕，令其遣抱告听审。嗣据该旗咨覆该氏，并无亲属抱告之人。经臣部讯取希隆阿、辛七供词并劄行独石口理事同知提传赓音太等到案讯办往返行查，至本年拾月贰拾贰日行文该旗，令该氏前往独石口收地。贰拾贰日行文该旗，令该氏前往独石口收地。贰拾玖日，该氏又复到部直入司堂，声言要领地亩对牌，以便赴独石口对地，若无对牌便无地数，恐独石口衙门不肯办理。经承办司员等谕以地亩数目已於文内载明，对牌非汝所呈，自应存部，俟定案时再行由旗发给。该氏坚执不依，任意咆哮，坐於司堂肆行辱骂，实属目无法纪。此而不加惩治，恐旗下妇女恃无亲属连累，任意逞刁，与体制大有关系。臣部向来办理旗民田房交涉事件止於讯断，并无约束收禁之责，除将金卜氏咨交该旗严行收管，相应请旨饬下该都统，责成参佐领、族长等严加管束。如再赴部逞刁，除将该氏捆送刑部照例治罪外，臣部仍将该参佐领等一并附参办理，其所控地亩，臣部照例查办，拟结是否有当，伏祈皇上圣鉴，谨奏请旨。^[28](www.daowen.com)

此案系旗妇金卜氏控汉人辛七等霸地欠租，因案系旗人地亩，初审当系步军统领衙门。原告金卜氏多次闹公堂，户部请旨将对该氏严惩，并言“臣部向来办理旗民田房交涉事件止於讯断，并无约束收禁之责”，可见户部只是就地亩田产案情本身的裁断，其余拘系、惩罚只能由相应机构处理。只因“该氏又复到部直入司堂……任意咆哮，坐於司堂肆行辱骂”，户部才请旨：“除将金卜氏咨交该旗严行收管，相应请旨饬下该都统，责成参佐领、族长等严加管束，如再赴部逞刁，除将该氏捆送刑部照例治罪外，臣部仍将该参佐领等一并附参办理，其所控地亩，臣部照例查办”。^[29]

随着时代的推移，民旗杂处越来越严重，这种内外域分治的管辖方式显然是不合时宜的，并在实际中被冲破。^[30]久之，步军统领衙门与五城御史的管辖渐混，但内城事务还是以步军统领衙门为主。

按规定，步军统领衙门拿获案犯，凡涉及宗室、觉罗者，须交刑部、宗人府会同审办。步军统领衙门拿获旗人贼匪，有初审权，无审断权。因此，步军统领衙门所获案件，或一审终结，或移送刑部、宗人府、内务府。从审判程序上看，如不算会审，则只存在二级审判。