1943年国民政府教育部接管甘肃科学教育馆，改称“国立甘肃科学教育馆”。由于经济困难，馆址被房主卖给军阀马步青，后经交涉，政府又拨城内励志路兰州女中旧址（现兰州市第27中学）为馆址。1947年至1953年，留学德国的光学研究博士卢寿枏担任第三任馆长。这一时期又将机构变更为研究组、展览组、推广组与总务组。建立了60多平方米的科学陈列厅，先后举办了《动植物矿产标本展览》《天文知识展》《生物展》《动物进化展》《电世界展》《生产力展》《生理卫生知识展》等展览，对外公开展出。工作重点为自然科学研究与普及教育，主要从事化验与生物研究工作，并将研究成果编制成四种专刊出版发行。科教馆在几年的发展变化中，人员由最初的27人增加到40多人，工作方面积极开展地方资源调查、辅助地方教育、普及科学知识；放映队深入农村、工厂、群众集散地，放映各类科普影片；中心实验室根据当时的中学课本，为学校编写教材，制作教学仪器、工具、研制化学制剂，为物理、生物、化学各科教学提供试验工具及场地等，科普宣传和文化教育工作生机勃勃。当时馆内设有专门的望远镜观象台，供人们观测天象，既破除迷信，又让大家以科学的方法了解天文知识。理化组在化学研究上非常重视为地方服务，特别是当时黄河泛滥，泥沙浑浊，馆科研人员对黄河水进行抽样分析化验，从而解决了兰州人民的生活饮水之大事。受铁路工程局委托，对天兰铁路通车沿线水样进行分析化验，供铁路机车上水参考。1947年在武都龙家沟发掘古生物化石四五吨，主要是三趾马动物群化石等，此批化石1961年春运抵西安西北大学地质系修复研究。这一时期收集科学标本植物类7000多件，蝴蝶标本1000多件，矿产标本几百件。国立甘肃科学教育馆的设立，极大地推进了当时甘肃省学校的理化教育水平。

1944年国立甘肃科学教育馆机构设置

1947年国立甘肃科学教育馆职员名册(www.daowen.com)

1949年甘肃科学教育馆支出凭证

1949年档案：袁翰青辞职，卢寿枏继任