南大吉于明世宗嘉靖二年（1523）二月出任浙江绍兴知府，时年三十七岁；至嘉靖四年（1525）五月离开绍兴归里，在绍兴知府三年。其间，瑞泉公大吉与王阳明交往过从甚密。南大吉当年会试中式，举二甲进士第，王守仁因为是主考房官的原因，故与大吉有座主之称。

王阳明，字伯安，浙江余姚人，号阳明，学者称为阳明先生，官至兵部尚书、都察院左都御史，是明代著名的思想家、文学家，是陆王心学之集大成者。时王阳明在越讲明理学，“以致良知为宗旨，以慎独改过为致知工夫”。南大吉因门生身份，故受王阳明“致良知”学说影响较大，其经历了王阳明在绍兴创立“致良知”学说并讲学的主要过程。

南大吉作为绍兴郡守，还为王阳明讲授“致良知”而开辟稽山书院，另外还修建了万松书院、龙首书院等。稽山书院在越城卧龙西岗，旧时为北宋范仲淹知越州时所建，南宋时朱熹亦到此讲学，故闻名于东南。但当南大吉任绍兴郡守时，稽山书院早已破败不堪，而这时四方负笈求学之士益多，阳明书院已经容纳不下这么多学生了，于是南大吉对其进行修葺一新，复稽山书院之名，为王阳明讲授致良知学说创造了便利条件。王阳明说：“越城旧有稽山书院，在卧龙西岗，荒废久矣。郡守渭南南君大吉既敷政于民，则慨然悼末学之支离，将进以圣贤之道。于是使山阴令吴君瀛拓书院而一新之，又为尊经之阁于其后。曰：经正则庶民兴；庶民兴，斯无邪慝矣。”[6]南大吉实际上是以王阳明门生的身份亲做表率，“致知之学，亲民之政”，参与并讲习传播阳明心学，对王阳明的“致良知”学说起到了重要的推动作用。明光禄寺卿三原大儒马理为南大吉所撰墓表中亦言：“至于前钱氏所遗镇东山阁、晦翁（朱熹）所建稽山书院，俱存遗址而已，先生与肇造之如初。府学及八邑诸生，尝躬率诸令诲之得之。复拔诸髦士于稽山书院，令其亲炙。乃给之饮食笔劄，俾专心向学无他累焉。以故从游之士成者十九，至今绍兴科目之盛始于乙酉，夫先生作人之功顾可少邪！”

嘉靖三年（1524），南大吉对王阳明的主要著作《传习录》进行刊刻，并为《传习录》作序。

嘉靖五年（1526）南大吉罢官离开绍兴，回到渭南，创办湭西书院，成为王学在关中的首位传播者。明代关中大儒冯从吾也说：“文成公门人虽盛，而世传其学者，东南则称安成邹氏，西北则称渭上南氏。”南大吉于归程中曾寄书王阳明，“勤勤恳恳，惟以得道为喜，数百言，无一字得丧荣辱之间”。南大吉自绍兴归里途中，向老师王先生写信汇报自己对王学的感悟，以及离开老师的不舍之情。阳明先生非常感动，满怀深情给南大吉手回信一封，为现在《传习录》所载《答南元善》一篇，云：“关中自古多豪杰，其忠信沈毅之质，明达英伟之器，四方之士，吾见亦多矣，未有如关中之盛者也。然自有横渠之后，此学不讲，或亦与四方无异矣。自此关中之士有所振发兴起，进其文艺余道德之归，变其气节为圣贤之学，将必吾元善、元真昆季始也。”

南大吉有一首五言古诗《示弟及诸门人十五首之一》，说明了他的思想中，亦有正统关中理学思想，又有受学于王阳明先生后对良知的感悟：(www.daowen.com)

昔我在英龄，驾车辞赋场。朝夕工步骤，追踪班与扬。

中岁遇达人，授我大道方。归来三秦地，坠绪何茫茫。

前访周公迹，后窃横渠芳。愿言偕数子，教学此相将。

图九　《渭南县志》湭西草堂位置图

南元善昆季（人称二南先生）归里后，先后创办了湭西书院、姜泉书院，马理撰墓表云：“先生归田日温寻旧学弗辍，四方弟子云从，乃构湭西书院以居，至弗能容。”明代渭南人才科目之盛，实始于此。二南先生门人中多有佼佼者，出名的有明河南巡抚李宗枢（富平人）、薛腾蛟、贺府、裴贞、王麟、孙一正、孟重、杨光训、郭俊、史记事、张经世、刘芳、侯于鲁、贾玙、秦邻晋等人。