从现有资料来看，南大吉于嘉靖五年回到渭南之后，从此便远离了阳明后学的讲学中心，也没有参与王门诸子之间的相互论学，书信往来也极少。十五年左右的时间，南大吉主要是在渭南讲授良知学，与其交往的大多是关中本地的一些学者，如吕柟（号泾野，1479—1542）、马汝骥（号西玄，1493—1543）等人。因此，我们在南大吉的著作中基本上看不到他对王阳明思想提出什么不同的看法，不像其他阳明弟子曾围绕“良知”之含义和“见在（现成）良知”“无善无恶”，以及“良知”的寂感、未发已发等问题产生一系列的辩论，南大吉对王阳明的良知说主要是以笃信与躬行为主，很少从理论上进行阐释。

从对良知学的笃信来看，南大吉在《寄答阳明先生书》中说道：

大吉兄弟资不敏，其幼而学也，窃尝有志于圣贤之道，乃为近世格物之说所罔，终焉莫得其门。比其长也，乃遂驰骛于词翰之场，争奇而斗胜者，然且十数年矣。既乃以守越获登尊师之门，而领致知之教，始信人皆可以为尧舜，而七十子之所以服孔子者非伪也。天命我心而我自放之，不仁孰大焉？亲生我身而我自失之，不孝孰大焉？今而后愚兄弟可以勉强惕厉以求自存其心，自成其身，而不至不仁不孝之大者，皆尊师之赐也，故曰孔子于诸子有罔极之恩焉。^[10]

此书信作于嘉靖五年返乡途中，正如王阳明说的“勤勤恳恳，惟以得闻道为喜，急问学为事，恐卒不得为圣人为忧，亹亹千数百言，略无一字得丧荣辱之间”^[11]。南大吉在信中说道，他与其弟早年为近世格物之说所惑，于圣贤之道不得其门而入，成年以后又驰骛于诗词古文，争奇斗胜，直到从王阳明那里得闻“致良知”之说，才相信人人皆可以为尧舜，从而转向理学的学习。南大吉把王阳明在其为学道路和做人修养上的引领视为是“罔极之恩”，即如同父母的养育之恩一样。

不过，南大吉也强调自己对良知学“中心悦而诚服之”，并不是因为这是老师的学说，他说：“夫王先生之学，天下方疑而非议之，而某辄敢笃信而诚服之者，非所以附势而取悦也，非为其所惑也，非喜其异而然也，反而求之，窃有以见夫吾心本如是，道本如是，学本如是，而不可以他求也。”^[12]南大吉指出，他对阳明学之笃信诚服，不是趋炎附势以取悦于阳明，也不是为其学说所迷惑，更不是好异而为之，而是由于“吾心本如是，道本如是，学本如是”，所以他不顾天下之人正在怀疑和非议阳明学，仍然转向良知学的学习。

那么，究竟是什么使南大吉认为“吾心本如是”，从而对良知学心悦诚服，认为圣人可学而至的？这就是王阳明的“格物”说。上文已指出，南大吉曾自述其早年为“近世格物”之说所惑，而无从得入圣贤之门，这与王阳明的“庭前格竹”的经历非常相似，都是受朱子“即物穷理”的影响，以为由此可以逐步达至圣贤地位。后来，王阳明通过“龙场悟道”而大悟格物致知之旨，并最终提出“心即理”的命题，从此摆脱了朱子学的困扰。王阳明的“格物”说主要是反对朱子学在事事物物上寻求个“定理”，而认为“定理”或“至善”存在于人的内心之中，所谓“于事事物物上求至善，却是义外也。至善是心之本体”^[13]。王阳明的这一“格物”思想显然给了南大吉兄弟极大地启发，如王阳明在作于嘉靖四年的《博约说》中说道：

南元真之学于阳明子也，闻致知之说而恍若有见矣。既而疑于博约先后之训，复来请曰：“致良知以格物，格物以致其良知也，则既闻教矣。敢问先博我以文，而后约我以礼也，则先儒之说，得无亦有所不同欤？”^[14](www.daowen.com)

如果考虑到南逢吉是在嘉靖三年十二月才从学于王阳明，那么从中可以看到，南逢吉是在对王阳明的“格物”思想即“致良知以格物，格物以致其良知”恍若有见后，又进一步向其请教“博文”与“约礼”的关系。对此，王阳明指出“博文以约礼，格物以致其良知，一也”^[15]。因为在王阳明看来，“礼也者，天理也”，而“文”则是“天理”（礼）的具体显现，亦即天理之条理，“礼”与“文”是一种体用关系，礼是文之存于中者，而文是礼之见于外者，二者就好像朱子说的“理一分殊”。因此，所谓“博文”就是在语默动静、酬酢变化之间求尽吾心之条理，而所谓“约礼”则是通过“博文”来求尽吾心之天理，故王阳明认为博文以约礼与格物以致良知是一致的。

而南大吉在作于嘉靖三年的《杂说二首》中也对“良知”与“定理”的关系进行了具体阐释，指出：

定理、定体，其即吾心之良知乎！毫末不可以加损，其犹规矩尺度之不可易乎！法用之不可定也，其犹方圆长短之不可胜穷乎！圣人以其一心之良知，而应乎无穷之事变，大而参赞弥纶，小而动静食息，无不各得其当，亦犹规矩立而方圆不可胜用，尺度陈而长短不可胜用，天下岂有不治乎？周公思兼三王，正唯求之于吾心焉尔矣。夫何今之人不反求物理于吾心之良知，而乃求之于应事之变，如某事则曰当如之何如之何，其治也如某官则曰当如之何如之何，其为也各为定法执之以为定用，故不能随物当理，随时应变。滞极而不可通，弊至而不可救，亦犹不以规矩为方圆，而以方圆为方圆，则方圆一定而用必穷矣。不以尺度为长短，而以长短为长短，则长短一定而用必穷矣，天下之不治兹其病之源与。^[16]

南大吉指出，“定理”“定体”就是吾心之良知，而良知就像规矩、尺度一样，“规矩立而方圆不可胜用，尺度陈而长短不可胜用”，故学者应该以吾心之良知来应乎无穷之事变，如此便能做到随物当理，随时应变，而事事物物无不各得其当，而不是像朱子学在事物上去寻个“定理”。故南大吉说：“夫是道也，具于吾心，秉彝天则之良，大中至正，人人所同，而不可以毫发私意加损焉者也。依是天则而处之各得其道，则人心无有不慊者矣。”^[17]

另外，南大吉与其弟南逢吉在绍兴时曾录有王阳明的讲学语录，后来由其后人整理为四篇，名为《越中述传》，其中就有“格物”之篇，从中也可以看到南氏兄弟对王阳明“格物”思想的重视。总之，王阳明以“格物”为致良知，认为“定理”“至善”就存在于人的内心之中，这对南大吉从此确立圣贤之志，将为学方向从古文诗词转向良知学产生了重要影响。