因有《侵权责任法》第66条的规定，在环境污染侵权的司法实践中，举证责任倒置广泛适用，法院拥有适度的自由裁量权。例如在吴某、张某某诉江苏某高速公路有限公司环境污染责任纠纷案中，法院认为，噪声污染影响居民的身心健康为公众所普遍认可，受害人对损害事实应承担较低程度的举证责任，受害人无法提供确切的证据证明损害事实时，法官根据噪声污染的时间、强度等因素推定损害成立的，高速公路的经营管理者应承担相应的赔偿责任。^[12]

目前，在环境污染侵权纠纷案件中，依法实行因果关系举证责任倒置的规则，应由污染者对其行为与损害之间不存在因果关系负举证责任，由污染者向法院提供充分证据以证明因果关系不存在。污染者举证证明下列情形之一的，人民法院应当认定其污染行为与损害之间不存在因果关系：（1）排放的污染物没有造成该损害可能的；（2）排放的可造成该损害的污染物未到达该损害发生地的；（3）该损害于排放污染物之前已发生的；（4）其他可以认定污染行为与损害之间不存在因果关系的情形。^[13]如果其举证的结果不足以使法官形成是否存在因果关系的心证，那么，法官则应当适用举证责任规则判决污染者败诉。^[14]当然，环境受到污染的被侵害人还是应当向法院证明其所受损害，并就因果关系提出初步证明，而非可以不提出任何证据。司法解释的规定是环境受到污染的被侵害人应当提供证明污染者排放了污染物、被侵害人的损害以及“污染者排放的污染物或者其次生污染物与损害之间具有关联性”的证据材料。

为处理好污染环境、破坏生态、造成损害的侵权纠纷，司法鉴定十分重要。司法鉴定的广泛运用，进一步减轻了被侵权人的证明责任。根据司法解释规定，当事人申请通知一至两名具有专门知识的人出庭，就鉴定意见或者污染物认定、损害结果、因果关系等专业问题提出意见的，人民法院可以准许。当事人未申请，人民法院认为有必要的，可以进行释明。具有专门知识的人在法庭上提出的意见，经当事人质证，可以作为认定案件事实的根据。^[15]负有环境保护监督管理职责的部门或者其委托的机构出具的环境污染事件调查报告、检验报告、检测报告、评估报告或者监测数据等，经当事人质证，可以作为认定案件事实的根据。^[16]有关司法解释仍有待司法实践的进一步检验，理论上虽然也有一些细节方面的不同观点，但是这些规定应当是办案的重要依据。虽然司法鉴定的采用，会改变有关举证责任规则的实际运用，但是这种改变或缓和只要有助于查明事实，就应当为法律接受，当然有关鉴定规则和相关制度完善也应当继续进行。

虽然有《侵权责任法》第66条的规定，但是在污染侵权的司法实践中，对于举证责任倒置的适用，也有持谨慎态度的案例，或有不同见解。例如，就历经三年的泰州市环保联合会与J、C等公司环境污染侵权纠纷案^[17]，有学者认为，该案中所适用的因果关系推定规则并非《侵权责任法》第66条规定的举证责任倒置。认为在因果关系推定规则下，原告举证的程度只需达到一定的盖然性即可，而被告需要提供较高程度的证明来进行反证，避免了完全由被告承担所有的证明责任，更能实现原、被告双方在诉讼中的平衡。^[18](www.daowen.com)

由于大气的流动性，大气污染责任纠纷案件在举证方面更为复杂。在此类案件中，有关勘验笔录、有关机构检测报告、气象资料等起到很大作用。例如，1995年曲某某承包一处集体土地种植樱桃，2001年山东F实业公司迁至曲某某樱桃园毗邻处从事铝产品生产加工，2009年4月曲某某提起诉讼。曲某某提交了公证处勘验笔录、农产品质量检测中心出具的樱桃叶片氟含量检测报告等证据。后经双方共同选定和取样，一审法院委托山东省农业科学院中心实验室予以检测，检测报告表明：距离F实业公司厂区越近，樱桃叶片氟化物含量越高。F实业公司提供樱桃树叶氟含量检测报告、厂区大气氟化物含量检测报告、牟平区气象局出具的2008年2月至2009年5月的气候情况等证据，拟证明其不存在排污行为，曲某某樱桃园受到损害系气候原因所致。一审法院判令F实业公司停止排放氟化物，赔偿曲某某损失204万余元。曲某某、F实业公司均不服提起上诉。山东省高级人民法院二审判令F实业公司赔偿曲某某224万余元。F实业公司不服，向最高人民法院申请再审。最高人民法院审查认为，曲某某已完成举证证明责任。F实业公司提交的樱桃树叶氟化物含量检测报告中距离厂区越近浓度越低的结论有悖常识；厂区大气氟化物含量检测报告系2010年5月7日作出，与本案待证事实不具有关联性；天气原因亦不能否定排污行为和损害之间的因果关系。考虑到确实存在天气恶劣等影响樱桃生产的原因，二审法院酌情判令F实业公司对曲某某的损失承担70%的赔偿责任，认定事实和适用法律均无不当。^[19]本案中，原告也提出了相应证据，而且公证处勘验笔录、有关机构检测报告、气象局出具的证据均起了作用。

在粉尘污染责任纠纷案中，固定证据对于被侵权人也非常重要。由于污染侵权纠纷案件中被侵权人的弱势地位以及其对于污染侵权事实证明的困难，法院可以根据具体情况依职权调查取证。例如，海南H实业公司未经依法批准，自2010年起租赁集体土地建设灰沙环保砖厂，所建厂房位于李某某羊圈及屋舍西面隔壁，李某某起诉。海口市琼山区人民法院受理案件后，指导李某某委托法律援助律师，并免去其需预交的案件受理费用。承办法官及时赴现场查勘、拍摄固定H实业公司污染行为的有关证据，向环境保护、国土主管部门调取H实业公司未办理环境影响评价、违法占地及排污等证据。一审法院在明确案件基本事实的基础上，促成李某某、H实业公司自愿达成调解协议，由H实业公司一次性赔偿李某某损失53000元，并于签收调解书时当场支付赔偿款。一审法院向环保主管部门发出司法建议，以监督H实业公司限期整改，消除污染，防止后续环境损害行为的发生。^[20]本案通过调解结案，法院依职权进行了调查，收集了有关证据，法院在查明事实基础上促成双方达成调解协议，还向环保部门发出司法建议，以监督当事人限期整改，消除污染，防止后续环境损害发生。