第一，税制设计不合理。主要表面在一下几个方面。

1.计税依据不合理。目前，我国房产税的计税依据依然是房屋计税原值或房屋租金，随着社会的发展，计税依据不合理日益凸显。首先，房产原值是指房产的历史成本，并不能反映房产的市场价值，房屋的市场价值会随着经济的发展、物价水平的提高而成倍的增长，并且不同地段的房产，其价值变化十分大，这使得房产税的征收并未考虑房产保有阶段发生的价值增值部分，不能有效发挥税收调控机制，使得税收收入流失；其次，这种方法仅以房屋建造的成本为依据，未考虑时间价值问题，随着时间的推移，房屋造价的差别很大，新建房屋的成本必定高于先建成的房屋，新旧房产的税负不公平，违背了税收公平的原则；再次，房产税这一个税种使用两种不同的计税依据，即从价和从租两种计税方式，会导致纳税人的同一房产仅因为自用或者出租而承担不同的税负，在从租计税情况下，房屋租金一般是按租赁市场的行情予以确认的，且出租房屋还需缴纳营业税、所得税等税费，从价计税方式下是按历史成本计税，可见从租计税的税负会比从价计税税负略高。这也违背了税收公平原则，也不符合财产税性质的要求，同时纳税人可以通过压低房屋租金，提高家具、设备租金等手段进行偷税、避税，造成税收收入漏损。

2.税率设计不合理。目前，我国的房产税税率是按照两种计税依据即房屋的计税原值和租金收入，分别采用两种单一税率12%和1.2%，而实际上，由于每个地方的经济发展程度不一，其税负承担能力也各异，现行房产税税率并未考虑这一点，降低了税收应有的调节功能。

3.房地产保有环节与流转环节税负严重不平衡。2010年房地产保有环节的税收（城镇土地使用税、房产税）大约19%，而交易环节的税负（契税、印花税、城市维护建设税）所占比例高达56%，我国房产税主要针对经营性用房的收入征收房产税，而房产保有环节税负很轻，房地产在转让、收益所得环节的税负过高，这在一定程度上导致了房地产投机炒作的行为，阻碍了房地产业的健康发展，导致了大量的房地产空置或较低利用率等一系列问题；另一方面，在房地产的开发流通环节，除了缴纳房产税外，还需缴纳繁多的税费，如土地使用税、土地出让金、契税、营业税、企业所得税、土地开发费、城市建设维护税、教育费附加等等，税费种类之多必然导致了房地产流转环节的税负偏重，而房产保有环节的税负较低，且免税范围大，这导致我国在房地产业出现严重的税负不公。

4.征税范围过窄、减免税过多。房产税的征税对象限于城市、县城、工矿区内和建制镇的各种租用和经营性企事业单位的房产，而对于个人的非经营性房产、农村的房产则不在房产税的征税范围，并且减免税的范围十分广泛，现行《房产税暂行条例》规定，对于个人所有的非经营性房产，一律免征房产税（上海、重庆试点除外），这在一定程度上又使得投机性和投资性的购房者有机可乘，从而产生了大量的空置房，且房价也不是市场供求均衡情况下的房价，从而使得大部分真正需要住房的中低收入者只能看着房价高涨而无能为力。并且由于以上原因，使得房产税税基也相应缩小了范围，最终影响了地方政府税收收入情况。

第二，房地产税费在制度方面存在缺陷（费大税小）。在国外，房地产财产税是地方税种的一个主体税种，为地方税收收入做出了很大的贡献，而在我国，这种功能显得十分不足，使得地方政府的税收收入远远不能满足政府的支出需要，导致地方政府不得不开征各种税费来弥补其财政收支缺口，致使我国地方政府的财政收入情况呈现出费大税小的现状。从开发阶段到流通阶段的税费主要有土地出让金、土地使用税、企业所得税、土地开发费、市政配套设施费、契税、征地补偿安置费、拆迁补偿安置费、勘察设计费、人防费、施工许可报建费、权证费、登记费等等，房地产开发的任何一个环节面临的收费都非常之多，据调查，房地产开发商需要缴纳的费用有50余项，费大于税的现状在我国房地产行业极为凸出，从而增大了房地产开发成本，购房者购置房产的成本也大大提高，并且征收较混乱滋长了乱收费的不良社会风气，使得房地产开发者对其规范性、严肃性和稳定性产生影响，一定程度上限制了房地产业规模的正常扩张。另一方面，费大于税，增大了税收征管成本，且限制了税收对房地产行业发展的调控作用。(www.daowen.com)

第三，征管手段力度不足。我国房产税税源广而分散，监管涉及单位众多，如房地产企业等各种企业，街道办、居委会等基层自治组织等，使得税务机关对房地产行业的税收征管难度大，且现阶段我国房产税大部分采用纳税人自行申报方式，主要依靠纳税人的自觉性，而如果纳税人在纳税申报时提供了虚假信息，将直接影响税收的征收情况，从这一点看，税务部门无法从源头加以控制，对房产信息无法进行核实。这些都使得我国房产税的征管难度加大，也反映了征管力度不足。

第四，现有配套制度不完善。我国缺乏健全的房产登记、评估体系制度，房产评估人员短缺等等问题，房产税的相关法律尚不健全，房产税的开征与改革必将涉及一系列法律法规的修订与废止，这些都是征收房产税的制约因素，因为房产税的合理征收建立在对其价值的合法、合理的核定。这些制约因素都给房产税的征收管理带来了很大的困难，同时为逃税提供了空隙，投机行为增多，也造成了税收收入的重大流失。

第五，历史遗留问题。房产税因以房屋及土地私有为基础，而我国土地是国有或集体所有，购房者只拥有70年的所有权，所以房产和土地所有权问题是我国开征房产税及改革必须处理的问题。而在计划经济时期，在公有制条件下，劳动者的住房主要由单位提供。从这一点来看，这都使得我国征收房产税的税基变得十分窄。

目前，虽然我国房产税税收收入在全国税收收入中所占的比重偏低，且存在诸多亟待解决的难题，但是近年来，我国经济稳定增长，尤其是房地产行业发展迅猛，以2010年为例，全国各地施工房屋建筑面积达885 17 3.4万平方米，竣工房屋价值则高达40 704.9亿元，比2005年相关数据翻了一倍多；各地城镇房地产开发投资额达48 25 9.4亿元，比上年增长33.2%，这些都为房产税收入比重的增加奠定了良好的经济与税源基础。并且，近年来，国家愈来愈重视房产税的改革，从2003年开始先后在多个地区开展了物业税空转试点工作，2011年1月又开始对上海、重庆实行房产税改革试点，可见对房产税的改革，是中国社会经济发展到一定阶段的要求，同时也说明我国对房产税改革的重视程度，房产税制的改革在不断地深化，取得了一定程度的发展，这也在制度、征收管理方面为房产税的征收与改革提供了丰富的经验。