各高校大多建立了符合自身发展需要的绩效考核制度，且发挥了一定作用，但也存在一些问题：第一，考核周期设置不合理。部分高校考核周期较短，每年都进行考核，教师的工作主要是教学和科研，而高质量的教学科研成果需要不断积累，追求短期成效往往无法产出高质量的成果。第二，考核不严，部分高校绩效考核流于形式。绩效考核中存在“重印象轻业绩”的现象，特别是高校绩效考核中常有领导评价、同行评价、学生评价，这种评价方式有其科学的一面，但也存在不足，甚至出现少数教师为了获得学生的高评价而放宽教学要求的情况。第三，重科研轻教学，重论文轻应用。科研能力和科研成果是高校提高知名度、提升高校排名的重要依据，部分高校的绩效考核较为重视对科研的评价，对科研成果的奖励幅度也较大，而对教学的绩效考核则缺少有效的评价机制，对教学成果的奖励无论在数量和额度上都低于科研奖励。在对科研绩效的评价中，往往只看重论文的发表，而不重视科研过程、不符合科研规律，导致科研评价体系不完善。第四，各学科一刀切。不同学科均有其自身规律，绩效考核应尊重不同学科专业的特点，建立分类考核制度。

针对高校绩效考核存在的问题，部分省市和高校出台了相关应对措施。如，针对“重科研轻教学”问题，四川大学设立了“卓越教学奖”，以百万元大奖重奖教学一线优秀教师；浙江大学设立了“浙江大学心平奖教金”，以最高100万元的奖金来奖励长年坚持在本科生教学一线并受到全校师生广泛认可的教师。(www.daowen.com)

针对考核不严、流于形式、各学科一刀切、重科研轻教学等问题，厦门大学在2017年对原有的教职工绩效考核评价体系进行了改革，实现“五个统一”，即：严格政治表现和师德要求，实现建设中国特色社会主义高校这一根本方向与学校发展、教职工个人成长的有机统一；实现学校发展目标和教职工职业生涯的有机统一；实现学校整体学术水平不断提升与各类人才队伍协调发展的有机统一；实现学校按统一规则“依法治校”与因发展不平衡而产生的多样化组织运行方式特殊需求的有机统一；实现教学科研业绩基本标准与多元化业绩载体的有机统一。该评价体系以“师德”作为考核评价的首要标准，坚持师德“一票否决”。按照不同岗位人才的成长规律，根据不同类型、不同层次教职工的岗位职责、工作特点，以及所处职业生涯的不同阶段，分类、分层次、分学部、分学科地设置考核内容和考核方式，健全分类管理和评价办法。以问题为导向，着力解决重科研轻教学、重数量轻质量、重论文轻专著、重论著轻应用等普遍问题。强化教学基本要求，明确教师不能突破教学底线标准；把同质量教学成果和科研成果同等对待；实行多元评价，高度重视教学工作量以外的教学业绩，高度重视经费、论文、奖项以外的科研成果和社会服务业绩，如专著、发明专利、技术解决方案、咨询报告等。但在增加可评价成果形式和扩大其范围的同时，应防止质量下降，坚持学术水准不降低，以高质量论文为基准，确保业绩可比性和质量一致性，只有通过评审确定其质量相当于论文时，论文以外的其他教学科研、社会服务成果或业绩才能被同等对待或作为替代选项。既要针对性地解决评价载体单一的问题，又要防止“搭便车”“钻空子”等情况降低学术水平、挫伤具有真才实学且做出高质量成果教师的积极性。