帝王祭祀是否亲自行礼，宋以前史书未载，难以确认。晋成帝是亲自行礼的，“元年车驾释奠，拜孔子之座”^[122]。唐代应该没有亲自行礼，《新唐书》记载高祖、太宗都是“观释奠”，《唐开元礼》“皇帝视学”也无祭祀的仪注。从宋代开始，皇帝是亲自行礼的。

虽然现在还保存着宋代视学的酌献仪注，但哲宗才开始视学，此前太祖、太宗、真宗、仁宗都曾拜谒孔子庙，亲祭仪注不得而知。宋仁宗拜谒孔子庙时“有司言旧仪只肃揖，帝特再拜”，可知此前皇帝拜谒孔子庙都是肃揖，仁宗开始再拜，皇帝从此跪下向孔子叩首行礼。

金章宗第一次亲祀是在春丁，“承安二年春丁，章宗亲祀，以亲王摄亚终献，皇族陪祀，文武群臣助奠，上亲为赞文”^[123]，皇帝亲自担任初献，采用的应该是常规的释奠仪注。第二次在中丁，明昌“四年八月丁未，章宗行释奠礼，北面再拜，亲王百官六学生员陪位”^[124]，既然是“行释奠礼”，采用的也应该是常规的释奠仪注。熙宗、章宗都是“北面再拜”，应该是延续了宋代的礼仪。

元代仅见释奠仪注，而且仅惠宗一人亲自释奠，采用的应该是国子监孔子庙的释奠仪注。

《大明会典》《大明集礼》《頖宫礼乐疏》《明史》等虽然载有释奠礼仪注，但都没有关于皇帝亲祭礼仪的记载，看来明代没有制定皇帝专用的祭祀礼仪。

清雍正四年（1726年）制定了皇帝亲祀仪注，乾隆三年（1738年）进行了增订。其仪注为：

【陈设】先祭一日，乐部设中和韶乐于大成殿外阶上，分左右悬。

至日五鼓，銮仪卫陈法驾卤簿于午门外。

【出宫】日出前六刻，太常寺卿诣乾清门告届时，皇帝御祭服，乘礼舆出宫，引扈如常仪。驾发警跸，午门鸣钟，法驾卤簿前导，不陪祀王公百官咸朝服跪送，导迎鼓吹，设而不作。

【入次】皇帝至庙门外降舆，赞引太常寺卿二人恭导由中门入，至更衣大次少憩。

【就位】太常寺卿奏“请行礼”，皇帝出大次，盥洗，赞引官恭导皇帝入大成中门，由中阶入殿中门，至拜位前北向立，太常赞礼郎引分献官至阶下夹甬道立，鸿胪寺官引陪祀王公位殿外阶上，百官位阶下，左右序立，均北面。

典仪官赞“乐舞生、登歌、执事官各供乃职”（以下自迎神至送神皆典仪官唱赞），文舞六佾进，赞引官奏“就位”，皇帝就拜位立。

【迎神】乃迎神，司香官捧香盘进，司乐官赞“举迎神乐，奏《昭平之章》”（凡举乐皆司乐官唱赞）。

【上香】赞引官奏“就上香位”，导皇帝诣先师香案前立。司香官跪进香，赞引官奏“上香”，皇帝立上柱香，次三上瓣香，奏“旋位”，皇帝旋位。奏“跪，拜，兴”（以下行礼皆有奏），皇帝行二跪六叩头礼，王公百官均随行礼。(www.daowen.com)

【初献】奠帛，行初献礼。司帛官捧篚、司爵官捧爵进。奏《宣平之章》，舞羽籥之舞。司帛官诣先师位前跪献，三叩，司爵官诣先师位前立献，奠正中，皆退。

【初献分献】分献官各诣四配、十二哲、两庑先贤、先儒位前上香、奠献如仪。

【读祝】司祝至祝案前跪，三叩，奉祝版，跪案左。乐暂止，皇帝跪，群臣皆跪。司祝读祝毕，诣先师位前跪安于案上，叩，退，乐作，皇上率群臣行三叩头礼，兴。

【亚献】行亚献礼，奏《秩平之章》（舞同初献）。司爵官诣先师位前献爵，奠于左，仪如初献。

【终献】行终献礼，奏《叙平之章》（舞同亚献）。司爵官诣先师位前献爵，奠于右，仪如亚献，分献官以次毕献，均如初。乐止，《文德之舞》退。

【彻馔】乃彻馔，奏《懿平之章》，彻馔毕。

【送神】送神，奏《德平之章》，皇帝率群臣行二跪六叩头礼。

【望燎】有司奉祝，次帛，次馔，次香，恭送燎所，皇帝转立拜位旁，西向，候祝帛过，复位。乐作，祝帛焚半。

【礼成】奏“礼成”，皇帝由大成中门出，至庙门外升舆，法驾如常仪。

【崇圣祠行礼】崇圣祠承祭官、分献官于皇帝出大次时入祠，上香、奠献如春秋释奠仪。^[125]

《钦定国子监志》按语说“雍正四年所定仪注，无上香仪，爵止一献，余同今仪”，说乾隆皇帝亲祀仪注比雍正四年仪注只是增加了上香礼，将一次献爵改为三献。但三上香其实是雍正十一年皇帝亲祀孔子后令礼部增加的，“嗣后亲诣行礼，于香案前行三上香礼”。三献爵是乾隆皇帝增加的，“今览太常寺奏进仪注，朕躬献爵一次，其亚献三献之爵则豫设于案，朕思既行亲祭，仍当从三献之仪，着太常寺重缮仪注进呈”，但没有遵照雍正四年皇帝规定的亲自跪献帛爵，“凡进帛、爵于先师皆行跪献礼。谕礼部：太常寺仪注内开，献帛进酒皆不跪，朕今跪献非误也。若立献于先师之前，朕心实有不安。可记档案，以后照此遵行”^[126]，改成了由司帛官跪献和司爵官立献。

皇帝亲祀仪注程序与释奠相同，但要简单得多。皇帝仅亲自上香，献帛、献爵都由工作人员进行，皇帝并不亲自敬献。