汉武帝采纳董仲舒的建议，“罢黜百家，独尊儒术”，孔子思想逐步成为封建国家的正统思想。元朔五年（前124年）兴太学，为五经博士设置弟子员，后“令天下郡国皆立学校官”^[15]，将学校普及到郡国。元始三年（公元3年），令天下郡国、县邑、乡聚都要设立学校官，学校更加普及。有学校就要举行祭祀等礼仪活动。昭帝时，韩延寿任颍川太守时，“令文学校官、诸生皮弁，执俎豆，为吏民行丧嫁娶礼”；任东郡太守时，“修治学官，春秋乡社，陈钟鼓管弦，盛升降揖让”^[16]。《汉书·礼乐志》也说：“汉承秦灭道之后，赖先帝圣德，博受兼听，修废官，立太学，河间献王聘求幽隐，修兴雅乐以助化。时，大儒公孙弘、董仲舒等皆以为音中正雅，立之大乐。春秋乡射，作于学官。”学校举行乡射礼并奏乐。学校举行乡射礼，在孔子思想被确定为国家指导思想的西汉，采用的应该是《仪礼》“乡射礼”的程序。遗憾的是，西汉祭祀的程序不得而知，只知道汉高祖祭祀孔子时祭品为太牢―――牛、羊、猪各一。

东汉光武帝建武五年（29年），太学举行落成仪式，“乃修起太学，稽式古典，笾豆干戚之容，备之于列，服方领习矩步者，委它乎其中”^[17]。既然“稽式古典”，而且光武帝也亲临观飨^[18]，令博士们御前论难^[19]，那就应该是按照《礼记》“凡始立学者，必释奠于先圣先师”的规定举行了释奠礼。但史书没有记载，只能进行这种推测。中元元年（56年）建造辟雍，辟雍、大学两存，在大学讲学，在辟雍举行飨射、大射、养老等礼仪活动。明帝永平二年（59年），首次在辟雍举行养老礼和大射礼，地方学校也举行了乡饮酒礼，“三月，上始帅群臣躬养三老五更于辟雍，行大射之礼；郡、县、道行乡饮酒礼于学校；皆祀圣师周公、孔子，牲以犬”^[20]。《后汉书》“礼仪上”有养老仪注，三老五更斋于太学讲堂，皇帝遣使者以安车接到辟雍，记载较为详细，但是并没有祭祀圣师周公、孔子的记载。其后，和帝、顺帝、灵帝都曾在辟雍举行飨射活动。

东汉祭祀活动虽然很多，但是缺少祭祀仪式的记载。从文献推测，太学祭祀使用了笾豆，表演了舞蹈，而且是武舞（干戚），与《礼记》所载天子视学的仪式相似。既然太学落成“稽式古典”，那么采用的应该就是《礼记》天子视学的礼仪。《乙瑛碑》（153年刻立）记载，辟雍祭祀先圣先师时，“侍祠者孔子子孙，太宰、太祝令各一人，皆备爵。太常丞监祠，河南尹给牛、羊、家、鸡、□、□各一，大司农给米”。《史晨碑》（169年刻立）也说：“臣伏见临辟雍日，祠孔子以太牢，长吏备爵。”由此看来，祭祀以孔子子孙褒成侯和太宰、太祝令为三献，祭品有太牢、鸡、米等。地方学校行乡饮酒礼，祭祀周公、孔子以犬为牲，等级较太学低很多。但是从《仪礼》看，乡饮酒礼用的牲就是犬。

在国立学校祭祀孔子，最早见于三国魏主齐王曹芳当政时期。魏正始二年（241年），齐王曹芳讲通《论语》，派太常到辟雍释奠孔子，正始五年、正始七年又分别因讲通《尚书》《礼记》令太常再去祭祀。除这种临时的报功祭祀外，国立学校还应该有常规祭祀。魏受禅于汉，采用的应该是汉代的制度，即春秋两次祭祀孔子。

报功的祭祀也被晋朝太子、皇帝仿效。西晋泰始七年（271年），皇太子司马衷讲通《孝经》，亲自到太学释奠孔子；其后，咸宁三年（277年）、太康三年（282年）分别因讲通《诗经》《礼记》《论语》三次亲自去太学祭祀。西晋元康二年（292年）、三年、八年，皇太子司马遹讲通儒经亲至太学释奠。东晋大兴二年（319年），皇太子司马绍讲通《论语》，也亲至太学释奠。东晋时，不仅太子讲通儒经后释奠孔子，天子讲通儒经后也亲至举行祭祀。东晋咸康元年（355年），成帝因讲通《诗经》去辟雍致祭，亲行拜礼；升平元年（357年），穆帝讲通《孝经》释奠孔子，因太学远在河南临时在中堂举行；宁康三年（375年），孝武帝也因讲通《孝经》在中堂释奠孔子。

《晋书》说：“武帝泰始七年皇太子讲《孝经》通，咸宁三年讲《诗》通，太康三年讲《礼记》通，惠帝元康三年皇太子讲《论语》通，元帝太兴二年皇太子讲《论语》通，太子并亲释奠，以太牢祠孔子，以颜回配。成帝咸康元年帝讲《诗》通，穆帝升平元年三月帝讲《孝经》通，孝武宁康三年七月帝讲《孝经》通，并释奠如故事”^[21]，都采用了释奠礼，并且“如故事”，国学应该有春秋的释奠常祭。(www.daowen.com)

北朝各国虽然几乎都是由少数民族建立的政权，但个别王国甚至比南朝还重视教育，有的还坚持着祭祀孔子的传统。

后赵羯人石勒重视教育，征战之时即兴学设教，“立太学，简明经善书吏署为文学掾，选将佐子弟三百人教之”。建国后，在国都襄国设置宣文、宣教、崇儒、崇训等十多间小学，并“命郡国立学官，每郡置博士、祭酒二人，弟子百五十人，三考修成，显升台府，于是擢拜太学生五人为佐著作郎”^[22]。石虎虽然残暴，但是也“下书令郡国立五经博士”^[23]。羯人与汉人杂居，起事后受士大夫影响，重教设学，应该坚持了祭祀制度，可惜的是文献没有记载。

氐人建立的前秦国主曾经祭祀孔子。建元六年（370年），苻坚灭前燕，不久祭祀孔子。“坚于是行礼于辟雍，祀先师孔子，其太子及公侯、卿大夫之元子皆束脩释奠焉”^[24]，在辟雍举行隆重的释奠礼，祭祀孔子。

北魏鲜卑族是主动汉化的民族，所以北魏政权也是极为重视教育的。《北史·儒林传》说：“始建都邑，便以经术为先，立太学，置五经博士，生员千有余人。天兴二年春增国子太学生员三千人。……明元时改国子为中书学，立教授博士。太武始光三年春起太学于城东。……天安初诏立乡学，郡置博士二人，助教二人，学生六十人。后诏大郡立博士二人，助教四人，学生一百人；次郡立博士二人，助教二人，学生八十人；中郡立博士一人，助教二人，学生六十人；下郡立博士一人，助教一人，学生四十人。”重教必定尊师，天兴四年（401年）“春，命乐师入学习舞，释菜于先师”，在国学祭祀孔子。国学祭祀孔子应该成为了惯例。始光三年（426年）“起太学于城东，祀孔子，以颜渊配”，仍然沿用三国魏以来的传统。国学举行祭祀活动，郡学也应该按照传统举行祭祀活动。