孔子庙奉祀先贤始于唐开元二十七年（739年），朝廷命将孔子弟子中除先前已经列为十哲配祀外的其他弟子从祀孔子庙。从祀先贤的数目文献记载不同，《唐会要》《新唐书》作六十七人，杜佑《通典》作七十三人，不知孰是。

宋大中祥符二年（1009年）加封五十八人，大观四年（1110年）增加公夏首、后处、公肩定、颜祖、鄡单、罕父黑、秦商、原亢、乐欬、廉絜十人，南宋咸淳二年（1266年）增加孔鲤。

明嘉靖九年（1530年）厘正文庙祀典，以申帐、申党为一人而罢申党，以公伯寮、秦冉、颜何、蘧瑗、林放五人不载于《孔氏家语》而罢祀，将蘧瑗、林放改祀于其家乡乡贤祠，将颜路、曾点、孔鲤调入新设的启圣祠。

东庑内景　从享在北，从祀在南(www.daowen.com)

明崇祯十四年（1641年），皇帝谕礼部说“朕览我圣祖命儒臣纂集《五经四书大全》，其中传注引证惟宋儒周子、二程子、朱子、张子、邵子为多，可见理学大明于宋，而周程张朱子大有功于圣门也。今与周秦汉唐诸儒并称先儒，窃为不安。兹欲特加崇隆，是否可行？著礼部、翰林院、国子监、礼科等衙门会同商议，廷议周程六子宜称先贤”，次年增加周敦颐、程颢、程颐、朱熹、张载、邵雍六人为先贤；同时，左丘明因为亲受经于孔子，所以也升为先贤。

清雍正二年（1724年），恢复秦冉和颜何的先贤称号并从享，增加孔子弟子县亶、牧皮和孟子弟子乐正克、公都子、万章、公孙丑从享。

清咸丰三年（1853年）增加颛孙师门人公明仪为先贤，七年增加公孙侨从享，光绪二十三年（1897年）将孔子之侄孔忠调至崇圣祠，最终确定从享先贤共七十八人，东尻四十人，西尻三十八人。