坚持农村土地集体所有是“三权分置”制度的核心与首要前提，但集体所有的所有权主体尚不明晰，进而影响这一权利的行使方式。因此，要坚持并落实集体所有权制度，需要对“农民集体”这一主体予以重新认识和定位。如上所述，农地集体所有的功能之一是发挥其社会保障的作用，强调农民作为集体成员中的一种“成员权”，以农民集体为一个结算组织，以此来保障农村集体组织每一成员平等的生存与发展的权利。并且由于农民一直参与集体生产劳动而获得分配这一实际情况，他们对于作为“结算组织”中的一员，及其享有的权利都没有质疑和争议。但农村经济发展到现今，农村集体组织已经超越了“结算组织”这一独立功能，农民获得分配的途径不仅仅限于参与集体劳动，农民也有向城市、向其他地区流动参与劳动而获得分配，农民与农村集体组织的联系具体体现在他们对农村土地享有的权利，这种联系正逐步减弱。虽然现行法律法规规定了由农民集体享有农村土地所有权，但没有规定个体农民构成农村集体的“成员权”作为权利主体的农民的所有权实质上是“虚化”的，法律上规定由人人所有，但实际的个体却不享有具体的份额。伴随着农民与土地的这种“传统联系”的减弱，现今较多农民离开农村前往城市就业的现实情况，关于事实上存在的农村集体组织中的“成员权”是否继续保留等问题未予解决。诸如，现今较多农村人口到城市务工并定居，但是他们在农村所拥有的“地权”仍然保留；他们的子女大多数出生、成长在城市，但与此同时保留着农村户口，其“成员权”是否保留以及怎样保留都是尚未解决的问题。

另一方面，农村土地所有权不仅存在“主体虚化”的问题，同时存在农村土地所有权行使方式不明确的问题。许多农村地区在将集体土地进行承包时，往往多由村委会来行使这项权利，并没有真正落实到代表农民意志的村民小组的手里，即存在的问题是农村土地所有权的行使主体是农民还是集体组织。“三权分置”正是从农民利益角度出发进行的制度创新，这样可以使农民成为经营权主体，由个体农民来决定对外流转经营权，随之而来的土地确权制度，将确权后的土地登记颁证，将集体财产量化，再将集体财产落实到具体的集体成员，将有助于农村集体成员更好地行使农村土地所有权。且从权利保护的角度看，任何其他组织和个人均不能随意侵犯、剥夺农民对土地享有的权益，否则“三权分置”将会陷入理想主义者的空谈。(www.daowen.com)