（一）各机构间协调合作效率不高

当前我国各反恐机构参与执行的反恐行动主要由公安部门反恐怖指挥局进行统筹协调，人民解放军以及人民武警负责对其进行协助^[32]，尽管这可以保证足够的相应速度，但是由于平时分属的指挥系统不同，各个机构的运作机制不同，在恐怖袭击发生时，不可能给予足够的时间进行协调整合，难免造成各机构之间的协调不畅、职责划分不清，对指挥系统造成较大的负担，容易出现部门协调不畅，职责划分不清的问题。而宏观层面的调配困难使得处于反恐一线的基层部门之间也出现了类似的问题，如当前各个反恐部门的情报处理系统相互独立，缺乏足够的交换流通渠道，在进行反恐行动时，常常各自处理各自获得的恐怖活动动态信息，阻碍反恐行动的顺利进行，不利于反恐行动效率的提升。

（二）对境外恐怖势力打击力度不足

尽管我国已经通过加入区域性合作组织的方式与周边国家缔结了反恐方面的合作条约，并且与南亚国家签订了边境管理协议，扩充了我国反恐的打击面，但是就目前的情况而言，恐怖袭击的烈度和广度比以前大大提升，仅仅依靠我国目前签订的协议，仍然不利于有效打击境外危害我国的恐怖势力。近年来，我国新疆“三股势力”将大部分核心组织迁移至境外地区，形成境外指挥、境内实施的恐怖行动模式，由于核心组织所在地区大部分为德国、美国以及土耳其^[33]，而我国与这些国家之间并没有形成类似上合组织这样足够有效的区域合作体系，再加上意识形态等影响，导致我国执行境外反恐行动时受到重重阻拦，无法对恐怖势力形成有效打击。

（三）缺乏对网络反恐领域的关注(www.daowen.com)

网络恐怖主义由于其使用方便，隐蔽性强，成本低，破坏力强，因此受各国恐怖分子青睐，同时，由于网络本身的多功能性，使得恐怖分子可以借以进行联络交流以及宣传恐怖思想。网络恐怖袭击的特性决定了反恐队伍中需要由专门的网络人才进行反恐工作，而当前我国反恐工作中，尽管已经开始认识到网络反恐的重要性，但是仍然缺乏足够的关注，我国当前网络反恐主力为公安部门中的网络警察部队，其专业化水平较网络反恐需求仍然具有一定差距，同时其日常还需要兼顾网络警务任务，因此在网络恐怖袭击事件发生时，反恐工作难免会受到影响；同时，我国网络反恐作战理论领域存在明显的空白，导致我国反恐方式上出现了不合理的现象，例如我国当前主要的网络反恐方式仍然以监控为主，缺乏主动性，专门的网络反恐模拟演练数量较少。^[34]这些都在一定程度上阻碍了我国的网络反恐效率。

（四）相关法规政策有待完善

目前，我国通过《中华人民共和国反恐怖主义法》构建起我国反恐法律体系，为我国反恐视野的法制化进程做出了重要的贡献，但是由于我国反恐法律专门化起步较晚，因此部分法条的制定仍然存在与实际脱节的情况，例如医疗卫生救护作为恐怖袭击事件发生后的处理环节，仅仅以交由反恐领导机构处理这样的描述一笔带过，缺乏具体规定以及可供参考的标准，不利于善后工作的开展；同时，对于恐怖分子的认知和规定也不够全面，例如在当前恐怖主义全球化的情况下，恐怖分子中有一类较为活跃的群体，名为外国恐怖主义战斗人员（简称FTF），即为了参加恐怖活动或者相关活动由本国前往他国行动的恐怖分子，而对于这类群体中计划出境或者最终未出境的恐怖分子，我国反恐法没有对其规定明确的处理措施，这将使得恐怖分子有机可乘^[35]；再者对于现实情况没有经过充分考虑，例如我国现行反恐指挥部门为公安部反恐局，而反恐怖主义法则规定了由反恐怖主义工作领导机构统一指挥，二者之间职位层级关系如何，怎样交接协调工作，均无明确规定，将不利于我国反恐工作的规范开展。