《除弊章程碑》和《恩垂万世碑》虽然刊立于清王朝即将土崩瓦解之际，但仍然起到了一定的积极作用。主要可以分为以下三个方面。

第一，加强了地方政府对土司的管理与控制。通过废除各项陋规，设立新规或仍按旧规执行，来限制土司的的权力。对于长限及总管权力的制约，实质上也是对土司制度调整的一部分。百姓遇有诉讼，若不想去土司衙门申诉，可以越级上诉，即允许去州县控告，这其实是对土司司法权的分散。此外宕昌土司马承烈去世后，因其子马培德年龄幼小，故岷州州府行文马承烈德堂侄马继贤任土司。这也体现了地方政府对于土司继承权的影响。当然，政府还采取蚕食周边和包围的方法，压缩二位土司的势力范围。凡此种种，均是为了加强地方政府对土司的管理与控制。

第二，维持了土司制度的存在。卓尼地区政教合一的土司统治，其辖区面积特别大，不仅深得其属民的信任，又因其掌握了禅定寺及其属寺的教权，这种政权加上教权的统治，靠宗教和血缘文化纽带将辖区内的属民紧密联系到一起，这就大大加强了其属民的内在凝聚力以及在宗教上和政治上对于土司的依附性。而宕昌的马土司，其土司统治也有鲜明的政治特色：首先历代土司都重视对于儒家思想文化的学习；其次是忠诚效力于朝廷；更重要的是对属民宽厚仁爱。以上三点，也为马土司赢得了一定的民众基础。因此虽然朝廷想要对两位土司改土归流，却又出于种种顾虑而无法切实实施，仍需借助土司的力量来维护一方统治，因此维持了土司制度的存在。(www.daowen.com)

第三，没有再爆发大的民族冲突。《除弊章程碑》刊立于光绪二十四年，在卓尼杨土司的黑番四旗辖区内。《恩垂万世碑》刊立于光绪三十一年，在宕昌马土司所统治的武坪、八楞、三角坪一带。上述两个地区，在碑刻刊立以后至清朝灭亡，再没有爆发大规模的反清起义及民族冲突。这似乎与清末风起云涌的大潮流不相符合，但无论如何，对于稳定舟曲乃至安多藏族地区方面起到了一定的积极作用。