基金预算支出是指各级政府财政用基金预算收入安排的支出。与一般预算支出相比，基金预算支出有专款专用的特征。基金预算支出应根据《政府收支分类科目》中“基金预算支出”科目进行分类。“基金预算支出”科目分为12个类级科目，类级科目下设款级科目，款级科目下再设项级科目。类、款、项三级科目逐级递进，内容也逐渐细化。财政总预算会计核算的基金预算支出科目的设置情况如下所述。

1.一般公共服务

一般公共服务类级科目分设如下“款”级科目：商贸事务（该科目设贸促会收费支出项级科目），彩票事务（该科目设社会福利的彩票公益金支出等项级科目）。

2.公共安全

公共安全类级科目分设如下“款”科目：司法（该科目设涉外、涉港澳台公证书工本费支出“项”级科目）。

3.教育

教育类级科目分设如下“款”级科目：地方教育附加支出，江苏省地方教育基金支出，学校收费支出，教育考试考务费支出。

4.文化体育与传媒

文化体育与传媒类级科目分设如下“款”级科目：体育（该科目设车手等级认定费等“项”级科目），文化事业建设费支出，国家电影事业发展专项资金支出。

5.社会保障和就业

社会保障和就业类级科目分设如下“款”级科目：残疾人事业（该科目设残疾人就业保障金支出等“项”级科目），大中型水库移民后期扶持基金支出，小型水库移民扶助基金支出。

6.城乡社区事务

城乡社区事务类级科目分设如下“款”级科目：政府住房基金支出，国有土地使用权出让金支出，城市公用事业附加支出，国有土地收益基金支出，农业土地开发资金支出，新增建设用地土地有偿使用费支出，城市基础设施配套费支出。(www.daowen.com)

7.农林水事务

农林水事务类级科目分设如下“款”级科目：农业（该科目设新菜地开发建设基金支出等“项”级科目），林业（该科目设育林基金支出、森林植被恢复费等“项”级科目），水利（该科目设中央水利建设基金支出、地方水利建设基金支出、大中型水库库区基金支出、三峡水库库区基金支出等“项”级科目），南水北调（该科目设南水北调工程基金支出、重大水利工程建设基金支出等“项”级科目）。

8.交通运输

交通运输类级科目分设如下“款”级科目：公路水路运输（该科目设海南省高等级公路车辆通行附加费支出、转让政府还贷道路收费权支出、车辆通行费支出、港口建设费支出、船舶港务费支出等“项”级科目），铁路运输（该科目设铁路建设基金支出、福建省铁路建设附加费支出等“项”级科目），民用航空运输（该科目设民航基础设施建设基金支出、民航机场管理建设费支出等“项”级科目）。

9.采掘电力信息等事务

采掘电力信息等事务类级科目分设如下“款”级科目：制造业（该科目设散装水泥专项资金支出等项级科目），建筑业（该科目设新型墙体材料专项基金支出等项级科目），电力监管支出（该科目设三峡工程建设基金支出、中央农网还贷资金支出、地方农网还贷资金支出、山西省电源基地建设基金支出、山西省煤炭可持续发展基金支出等“项”级科目）。

10.粮油物资储备管理等事务

粮油物资储备管理等事务类级科目分设如下“款”级科目：旅游业管理与服务支出（该科目设旅游发展基金支出等“项”级科目），涉外发展服务支出（该科目设中央对外贸易发展基金支出、国家茧丝绸发展风险基金支出、援外合资合作项目基金支出等“项”级科目）。

11.全融监管等事务支出

全融监管等事务支出类级科目分设如下“款”级科目：金融调控支出（该科目设中央财政外汇经营基金支出、中央财政外汇经营基金财务支出等“项”级科目）。

12.其他支出

其他支出类级科目分设如下“款”级科目：其他政府性基金支出。需要说明的是，在《政府收支分类科目》中，上述“转移性支出”科目属于“基金预算支出”科目，但在财政总预算会计进行会计核算时，不作为“基金预算支出”会计科目进行会计核算，而与“一般预算支出”科目的情况一样，作为“补助支出”“上解支出”“调出资金”会计科目进行会计核算。基金预算支出的支付方式和程序与一般预算支出基本相同。