台湾军情局的前身是蒋介石独裁统治时期赫赫有名的“军统局”。1946年，“军统局”改名为“国防部保密局”，后又改为“国防部第二厅”。1954年台湾当局对情报部门进行调整时，又将其名称改为“国防部情报局”。到了20世纪60年代，“国防部情报局”与“国防部特勤室”才合并为现在的“军事情报局”，由台军参谋总长直接指挥，其所搜集的情报主要供台“国防部”及参谋部用作决策参考。

军情局下设七个处、一个情报研究中心和一个秘密交通中心，其活动主要是收集大陆政治、军事情报，需要时还可以策划破坏、暗杀，对大陆沿海地区进行袭击、骚扰等活动。除此之外，台湾军情局的主要任务还包括：适时在大陆建立和发展“敌后武力”，对大陆军队进行策反和军事“攻心”，配合台军的战略性行动等。

20世纪50年代，台湾军情局曾通过空投和迂回等方式向中国大陆派遣了大批间谍人员。1962年前后，军情局又利用中苏交恶之机伙同美国的中央情报局，开设了大量间谍培训班，甚至准备在大陆沿海地区建立“游击走廊”。近年来，随着大陆的改革开放，海峡两岸交往日益增多，台湾军情局亦不失时机地制订计划，选派人员赴大陆以参观、旅游、探亲以及投资开工厂等名义，搜集党政情报，物色工作人员，发展间谍网络。

国民党政权败退台湾以后，台湾的情治机构始终把目标对准大陆地区，对大陆的谍报活动从未间断过，只是具体做法因不同时期而有所不同罢了。在新中国建国初期，他们派遣大量间谍特务到大陆搞情报、搞策反，发展“敌后组织”，搞“心战”宣传，进行阴谋爆破和暗杀活动，对大型建设项目进行破坏。自大陆实行改革开放以来，台湾情治机构抓紧利用这个“良好机会”，进一步加强了间谍派遣活动，力图广泛搜集中国大陆政治、经济、军事情报，在沿海边防地区的活动尤为突出。

军情局规定今后对大陆工作的任务：一是发展地下潜伏组织，并强调注意质量；二是加速建立反对的力量，发展对象是对现实不满的知识分子和违法干部；三是在香港和海外物色青年学生报考大陆大专院校，毕业后试图钻进中共党政机关内部长期潜伏，并争取在大陆的大学建立小组。台湾各情报系统经常向下属单位制发内容广泛的情报搜集提纲，搜集的重点是中央文件、内部机密资料、体制改革、政治动向、军事部署、军事装备及调动、沿海军事情报以及国家安全机构的设置、任务，等等。

香港是著名的国际情报中心，有“东方谍都”之称。台湾当局充分认识到香港的特殊地位，竭力在香港扩充情报机构，以香港为基地对中国大陆大肆进行情报活动。在香港活动的台湾情报机构主要有“国安局”驻港机构、香港政治作战小组、法务部港澳调查处、军情局驻港情报组、警备总部驻港机构等，其中军情局驻港情报组最为庞大。据海外媒体报道，该情报组下设26个情报单位，编有总联络官一名，专职及外围特工在香港1997年回归之前达到了2000多人。这些情报机构不但重视对中国大陆情况的搜集和研究，还直接配合西方的反华势力对大陆进行颠覆活动，积极派遣人员潜入境内，还抓紧一切机会对境内人员进行策反。(www.daowen.com)

泰国是台湾情治机构搜集情报的第二个重要窝点，它是台湾在东南亚最大的情报交流中心，目前由军情局派驻一名曾在台湾情报单位担任过处长的少将驻守该地。走的则是传统“布建”路线，最常见的就是在该地设置情报点，以某些餐厅、酒店为根据地，再不然即以“公司行号”的形态落脚泰国，以商业交流掩护情报交流。

据报道，台湾目前对大陆的情报工作，由驻泰国的军情局人员透过管道与大陆的“线民”联系，彼此都是单线作业。军情局人员找得到“线民”，“线民”则无法主动联络到军情局人员，而且真正有“编号”的谍报人员，已甚少直接进入大陆内地，而是培养“线民”，透过这些人得知所需资讯。“线民”彼此间不相识，甚至“线民”自己可能都不知道自己已经成为“线民”。“线民”提供汇款账号给与他接头的情报人员，事成之后即可透过此账户拿到应得的“货款”，彼此间的账务往来，全都是以“商业买卖”为幌子。

还有报道称，台湾透过“线民”对大陆的情报搜集，已着重在“商业情报”，而非“军事情报”，因为台湾在乎大陆的经济威胁更甚于武力威胁，甚至当地有什么重大开发，或是哪位重要企业界人士，带了多少资金准备投入多少人力发展什么事业，都是这些情报人员外围再外围的“线民”情报搜集的重点。

随着海峡两岸关系的缓和，台湾针对大陆的情报工作进行了调整，“国安局”等情报单位已决定缩减六项重要的项目计划，这六项项目分别是“夏阳”“黎明”“先基”“晨曦”“春风”“复华”计划，一部分情报单位已策划执行了多年，另一部分是根据形势变化新调整的工作。其中，“春风”计划是到大陆做策反工作，对象包括解放军官兵、宗教人士、少数民族人士等；“复华”计划是派遣情报人员的项目计划；“夏阳”计划是针对大陆90处战略目标积极发展情报组织；“黎明”计划是选择大陆东南沿海19处地点，计划在两岸发生冲突时，如何为台军特种部队发动反制攻击提供目标情报服务；“先基”计划是一旦两岸关系紧张时，预先渗透大陆的60个目标区；“晨曦”计划重点是一旦两岸战事爆发，如何迅速将台在大陆潜伏的情报组织启动为具有“实际行动”能力的“敌后武工队”，以便在大陆重点地区进行破坏和颠覆性活动。