水产种质资源保护区是为了保护水产种质资源和其生存环境，我国在具有较高经济价值和遗传育种价值的水产种质资源的主要生长繁育区域，依法划定予以特殊保护和管理的水域、滩涂和毗邻的岛礁、陆域。水产种质资源保护区分为国家级水产种质资源保护区和省级水产种质资源保护区。根据保护对象资源状况、自然环境及保护需要，水产种质资源保护区可以划分为核心区和实验区。《渔业法》第29条规定，未经国务院渔业行政主管部门批准，任何单位或者个人不得在水产种质资源保护区内从事捕捞活动。我国《水产种质资源保护区管理暂行办法》第7条规定，以下区域应当设立水产种质资源保护区：国家和地方规定的重点保护水生生物物种的主要生长繁育区域；我国特有或者地方特有水产种质资源的主要生长繁育区域；重要水产养殖对象的原种、苗种的主要天然生长繁育区域；其他具有较高经济价值和遗传育种价值的水产种质资源的主要生长繁育区域。

经批准设立的水产种质资源保护区由所在地县级以上地方人民政府渔业行政主管部门管理。水产种质资源保护区管理机构的主要职责包括：制定水产种质资源保护区具体管理制度；设置和维护水产种质资源保护区界碑、标志物及有关保护设施；开展水生生物资源及其生存环境的调查监测、资源养护和生态修复等工作；救护伤病、搁浅、误捕的保护物种；开展水产种质资源保护的宣传教育；依法开展渔政执法工作；依法调查处理影响保护区功能的事件，及时向渔业行政主管部门报告重大事项。农业部应当针对国家级水产种质资源保护区主要保护对象的繁殖期、幼体生长期等生长繁育关键阶段设定特别保护期。特别保护期内不得从事捕捞、爆破作业以及其他可能对保护区内生物资源和生态环境造成损害的活动。(www.daowen.com)