自然资源许可制度是指在从事开发利用自然资源的活动之前，必须向有关管理机关提出申请，经审查批准，发放许可证后，方可进行该活动的一整套管理措施。它是自然资源行政许可的法律化，是自然资源保护管理机关进行自然资源保护监督管理的重要手段。^[13]《中国资源科学百科全书》中给出的定义是：凡因生产经营或特殊情况需要开发利用自然资源的，由政府核发许可证，确认其在一定期限、一定地点、一定限度内开发利用某种自然资源的法律制度。^[14]采用自然资源许可制度，可以把各种自然资源开发利用活动纳入国家统一管理的轨道，并将其严格控制在国家规定的范围内。这一制度非常有利于对自然资源有关的活动进行事先审查，筛除不符合自然资源可持续发展的活动，同时有助于实现对自然资源进行开发、利用活动的市场主体的有效监管。^[15]

从历史上看，我国自然资源许可制度自古有之。如自秦以来历代封建王朝的“外贸许可制度”——私人出入国边境进行贸易活动，需要获得政府准许。由于当时生产力水平低，改造自然的能力十分有限，对自然资源的开发利用的行政许可仅限于水、渔业、森林资源等少数自然资源，而且规定得十分粗陋。^[16]中华人民共和国成立后，直到改革开放前，自然资源许可制度都迟迟未有进展。2003年我国颁布了《行政许可法》，明确规定了“有限自然资源”的行政许可，近年来颁行的一系列单行的自然资源法中对各种自然资源法作了相关的规定，并且出台了配套的行政法规、部门规章以及地方性法规和地方政府规章等对自然资源行政许可进行细化，自然资源行政许可制度初具规模。“我国在自然资源保护管理中普遍实行了许可制度。”^[17]森林法、渔业法、水法、矿产资源法、野生动物保护法等自然资源法都规定了相关资源的许可制度。例如：土地使用权证、草原使用权证、林木采伐许可证、木材运输证、采矿许可证、勘查许可证、养殖使用证、捕捞许可证、特许猎捕证、狩猎证、驯养繁殖许可证、允许进出口证明书、取水许可证等。^[18]自然资源许可证虽然种类较多，但根据其性质可大致分为三类：自然资源开发许可证、利用许可证和进出口许可证。^[19](www.daowen.com)