审计人员的审计工作建立在对内部控制制度评价的基础上，即为制度基础审计方法，或叫系统基础审计方法。具体地说，审计人员通过内部控制制度实际存在的强点和弱点，来确定进一步实施实质性测试的范围、重点、方法与数量。制度基础审计是审计风险模式应用于审计过程而形成的一种审计程式，从20世纪80年代以来风行于世界各国。

随着股份有限公司的出现和股票上市，以财务报表为主要对象的信用审计应运而生。如果审计人员还按照账目基础审计，采用账目基础审计方法，已不能满足社会公众的需要。同时，由于现代管理的需要，股份公司普遍加强了内部控制工作，审计人员也没有必要采用原有错弊审计的方法。为此，审计人员在实施账目审查以前，首先检查内部控制制度（或系统）的完善程度，确定审计目标、审计技术和进程，借以取得足以支持审计意见的审计证据，由此产生了制度基础审计的方法。由于制度基础审计采用了科学的统计抽样方法，不仅有利于减少审计工作量，也有利于提高审计质量。制度基础审计的主要缺陷是使审计人员对内部控制制度过分依赖而忽视了审计风险产生的其他环节。(www.daowen.com)

与账目基础审计相比较，制度基础审计在审计基础、审计程序、抽样技术、审计重点等方面均有不同之处。制度基础审计以内部控制制度调查、评价为基础；以适当性测试、符合性测试、有效性评价和实质性测试为其审计程序；重点采用统计抽样技术，并结合使用判断抽样技术；以内部控制系统各关键控制点薄弱环节为其审计的重点。制度基础审计方法的出现，使审计工作从单个数据的验证发展到对整个内部控制制度的系统评价，促进了系统审计思想的形成。制度基础审计能广泛地采用统计抽样技术，不仅有利于节约审计资源，也有利于提高审计效率；制度基础审计能发现业务处理程序上的错误和控制系统上的不合理现象，不仅有利于避免重复差错的出现，而且有利于促进被审计单位不断完善内部控制机制和提高管理水平；制度基础审计能从薄弱环节入手，科学地掌握审计的重点和方向，既能保证审计工作质量，又能减少审计风险。制度基础审计能否普遍运用并能否取得良好的效果，一要看被审计单位是否具有良好的内部控制制度；二要看审计人员是否具有较高的业务素质以及是否能运用内部控制的测试技术；同时还要充分考虑到内部控制制度本身的局限性。内部控制制度本身的局限性制约着制度基础审计方法不是万能的。