第一，PPP模式主管机关不明，职能交叉，互相推诿。目前主管国家PPP项目的主要是三个部门，即财政部、发改委和人民银行。当然，城市供水、高速公路建设、民生养老等具体领域实施PPP模式还涉及其他相关部门，但谁是PPP项目的第一主管机构并不十分明确。比如棚户区改造工程，财政部主管招投标及财务工作，发改委进行项目审批和项目入库，规划局负责城市规划，有的地方政府还专门成立“棚改办”负责PPP模式的棚户区改造工作，却始终没有明确谁是PPP项目的第一主管部门。这很容易造成有利可图时，各个执行部门会竞相争夺执行，导致政出多门，政策“打架”；而在无利可图时，则可能产生权力真空，执行缺位；出现问题时，各部门相互推卸责任，导致行政效率低下，民间资本求助无门，无所适从。

第二，民间资本费用重，获利少，抗风险能力差。中国实行“三去一降一补”的供给侧改革已取得一定成效，但经济下行压力依旧严重。民间资本与国有企业对经济下行的反应更加直观和强烈，就间接融资中的银行贷款而言，民间资本产能过剩，滞留风险较高，银行等金融机构为保证资金的正常运转和收回，贷款的利息率也会提高，民间资本每年需要支付的贷款利息较高，资金压力大。此外，中国目前处于新旧动能转化时期，科技人才创新创业，产品与服务的经济附加值降低，人工成本上升，民间资本为此付出的费用逐年上升，且PPP项目多为微利项目，平均收益率在6%～8%，所获利润微乎其微。在这样的大背景下，政府为推行PPP模式，吸引民间资本进入，减少民间资本的经营风险，会确保其经营具有一定的收益水平，但是又不应收益过高，如果收益过高，政府方面也会做出相应控制。相对于民间资本，国有企业面对这种情况则更加从容一些，在产能过剩及滞留风险存在的情况下通常会选择降低利润率，以获得长期发展。(www.daowen.com)

第三，参与度偏低。随着有关政策的陆续出台，全国各地推广PPP模式的热度持续高涨，投资规模不断扩大。但是，在实践中，民间资本对PPP项目的参与度偏低，往往只能成为项目的配角，有时甚至连参与角色扮演的机会都没有，民间资本参与程度与PPP模式推广应用的初衷存在偏离。为服务于国内PPP产业的发展，各级政府设立了许多PPP产业引导基金，明确以社会资本身份参与PPP项目。PPP产业引导基金一般依据项目审核结果进行资金认缴。目前来看，国内PPP项目的落地情况并不理想。2016年1、3、6月末，全国PPP项目落地率分别为20%、21.7%、23.8%。2016年6月末，全国PPP项目落地率显著低于财政部PPP示范项目的落地率（48.4%）。在这种情况下，PPP产业引导基金并无多少实际资金到位，实际投资率偏低。社会资本即便具有明确的身份定位，也面临没有项目可供投资的窘境。目前，PPP模式的政策、制度供给与需求的匹配度还不高。受到传统思维与管理体制的束缚，地方政府实际操作与政策导向偏离的情况时有发生，民间资本参与PPP项目还承担着一定的政策性风险。一方面，在PPP项目管理与决策中，一些政府部门多是沿用传统的行政指令，不足以表现PPP模式最根本的契约精神。为规避“道德风险”，在公开招投标或竞争性谈判和磋商中，一些政府部门偏向于优先选择国有企业主体，民营企业并未得到同等对待。另一方面，PPP项目时间跨度大，项目存续内政府领导或者管理部门的更迭会在一定程度上影响项目的实质性推进、协议的达成以及承诺的兑现，难以长期维系公共部门与私人部门之间的合作关系。