虽然在执法资源有限的情况下，行政机关在个案中所进行的妥协和让步，并不能与牺牲公共利益画等号。但行政执法和解过程中的公共利益保护问题是非常重要的，将直接影响到这一制度实施的效果。主要包括以下两种情况：

其一，行政和解双方如何实现对公共利益的保障？行政执法和解虽然是行政主体与涉嫌违法的行政相对人之间所达成的，但和解的目的并非为了行政主体或者相对人的个体利益。因此，行政执法和解必须在公共利益容许的情况下进行。行政执法和解中公共利益的保障，行政机关应担负主要的责任，即应当进行“合目的性审查”，尽到谨慎权衡的义务以保障实现和解的公共利益目的。在具体程序设计上应当有相应的制度体现这一公共利益的目的，行政执法和解协议内容需经行政机关内部的严格程序方能达成。例如，台湾地区“行政院金融监督管理委员会”“行政院金融监督管理委员会缔结行政和解契约处理原则”第6条规定：“本会就行政和解契约之要约或承诺，应经委员会议决议通过后，授权由委员或各承办单位提出。”美国SEC如果能够与调查对象达成妥协，执法部门将和解协议以书面备忘录的形式提交SEC五人委员会，后者通过非公开的会议进行审查。[44]因此，我国在设计行政执法和解制度时应当建立严格的行政执法和解协议内部审查和批准程序。(www.daowen.com)

其二，如何防止行政机关借行政和解规避调查义务，过度利用行政和解程序。虽然规定行政执法和解应当在“行政机关对于行政处罚所依据的事实或者法律关系，经依职权调查仍然不能确定，或非经重大支出不能查明”的情形下进行，但在某一具体案件中，行政机关是应当继续进行一项调查还是应当与行政相对人进行和解，事实上属于行政机关裁量范围之内。如果行政机关过早放弃对相对人违法行为的调查，过于依赖和解程序，或许会在一定程度上纵容行政相对人的违法行为，从而降低行政执法的威慑力度。原则上而言，行政机关不应过早放弃对相对人违法行为的调查。可见，此处的关键是和解时机的选择问题。